村民农用地被淹请求赔偿的处理流程主要分为以下几个步骤，我将结合法律实务经验为您详细说明：

1. 固定证据，明确损失范围
   首先需通过拍照、录像、书面记录等方式固定农用地被淹的现场情况（如积水深度、作物受损状态等），同时联系农业技术部门或第三方评估机构对损失进行鉴定，明确具体损失金额（包括土地修复费用、农作物减产损失等）。若涉及环境污染导致的水淹（如企业排污），还需留存水质检测报告等证据。

2. 确定责任主体
   根据被淹原因划分责任：

   • 自然灾害（如暴雨、洪水）：若属于不可抗力，通常由村民自行承担损失，但可查询当地政府是否购买了农业保险或是否有灾害补助政策；
     
   • 人为因素（如上游水库泄洪未通知、企业违规排污、邻地排水不畅等）：需通过调取气象数据、水利部门调度记录、企业排污监测报告等证据，锁定具体侵权方（如水库管理单位、排污企业、相邻土地使用人等）。

3. 协商或投诉

   • 协商：直接与责任方沟通赔偿事宜，可要求其恢复土地原状或赔偿损失（需保留协商记录，如书面协议、录音等）；
     
   • 投诉：若协商无果，可向当地农业农村局、水利局、生态环境局等部门投诉，要求行政机关介入调查并督促责任方整改。

4. 提起诉讼或申请仲裁

   • 诉讼：向法院提起民事侵权诉讼，需提交证据清单（包括损失证明、责任认定依据等）、起诉状及赔偿计算明细。若涉及环境污染，可依据《民法典》第1229条主张惩罚性赔偿；
     
   • 仲裁：若双方事先约定了仲裁条款（如土地流转合同中约定争议解决方式），可向约定的仲裁机构申请仲裁。

5. 执行赔偿
   若获得胜诉判决或仲裁裁决，但责任方拒不履行，可向法院申请强制执行，通过查封财产、冻结账户等方式迫使对方支付赔偿款。

补充建议：

• 及时关注当地政策，部分地区对农业灾害有专项补贴或保险理赔通道；
  
• 若涉及集体土地，可联合其他受损村民共同维权，降低诉讼成本；
  
• 整个过程中注意保留所有书面材料、沟通记录，避免口头约定。
  

如有具体细节需要进一步分析（如被淹原因、损失金额等），可直接向我咨询，我会结合案例为您制定更精准的维权方案。