结论：美容院在未取得医美资格证的情况下进行针清痘痘操作并留下针孔，确实可能涉及非法行医，但具体是否构成非法行医还需结合其他因素综合判断。
详细分析：
非法行医的定义：
- 非法行医通常指的是未取得医生执业资格的人非法从事医疗活动，或者虽取得医生执业资格但超出注册的执业地点、执业类别、执业范围从事医疗活动的行为。在美容领域，如果机构或个人未取得相应的医疗美容资质而进行医疗美容操作，也可能被视为非法行医。
针清痘痘的性质：
- 针清痘痘通常被视为一种医疗美容行为，因为它涉及到对皮肤的侵入性操作，需要一定的医学知识和技能。如果操作不当，可能会导致皮肤感染、疤痕等不良后果。
医美资格证的重要性：
- 医美资格证是从事医疗美容活动的合法凭证，它证明了机构或个人具备从事医疗美容活动的资质和能力。没有医美资格证而进行医疗美容操作，是违反相关法律法规的。
是否构成非法行医的判断因素：
- 操作性质：针清痘痘是否属于医疗美容行为，这需要根据具体操作内容和目的来判断。如果操作具有医疗性质，如涉及皮肤深层清洁、消毒、药物使用等，则更可能被视为医疗美容行为。
- 资质情况：美容院是否取得医美资格证，以及操作人员是否具备相应的医学知识和技能，是判断是否构成非法行医的关键因素。
- 后果影响：如果针清痘痘操作导致了不良后果，如皮肤感染、疤痕等，这将增加美容院非法行医的嫌疑。
可能的法律后果：
- 如果美容院确实构成非法行医，可能会面临行政处罚，如罚款、停业整顿等。
- 如果因非法行医导致患者损害，美容院还可能需要承担民事赔偿责任，甚至可能涉及刑事责任。
建议：
- 如果你认为美容院的行为已经构成了非法行医，并且对你造成了损害，你可以考虑向当地的卫生行政部门投诉或举报。
- 同时，你也可以咨询专业律师，了解你的权益和可能的维权途径。律师可以根据你的具体情况，为你提供更详细的法律建议和帮助。
后续行动：
- 保留好相关证据，如美容院的宣传资料、操作记录、照片等，以便在需要时提供证明。
- 尽快咨询专业律师，以便及时了解你的权益和可能的维权策略。
如果你有任何进一步的疑问或需要更多的法律帮助，请随时向我咨询。