当施工单位资质不符时，这是一个涉及工程质量、安全以及市场秩序的重要问题，必须得到严肃且及时的处理。以下是根据相关法律法规和实际操作经验，为您提供的详细处理建议：

一、立即停工与资质核实

一旦发现施工单位资质不符，首要任务是立即停止其所有施工活动。这是为了防止因资质问题可能引发的工程质量或安全隐患，确保项目各方的合法权益不受损害。紧接着，应迅速核实施工单位的资质情况，包括但不限于资质证书的真实性、有效性，以及是否存在过期、被吊销或撤销等情形。

二、整改要求与监督

若施工单位资质确实存在问题，但存在通过整改达到合格标准的可能性，那么应依据相关法律法规和合同条款，与该单位进行协商，明确整改的具体要求和时间表。整改内容可能涉及补充必要资料、提升技术能力、加强质量管理等多个方面。在整改期间，必须严格监督其进展，并确保其不再从事任何施工活动，以防止问题进一步恶化。

三、分阶段处理措施

1. 招投标阶段：

   • 如果问题出现在招投标阶段且尚未确定中标结果，招标人有权直接取消该施工单位的投标资格，并重新审查其他投标单位的资质。
   • 若已确定中标但尚未签订合同，招标人可宣布中标无效，并重新组织招标流程，以确保项目的顺利进行。

2. 项目实施阶段：

   • 如果项目刚开始实施，工程总承包企业应立即更换为资质合格的施工单位，并尽快恢复正常施工，以减少对项目进度的影响。
   • 若项目已进行一段时间，除停止施工外，还需对已完成工程进行质量评估。如质量合格，更换合格施工单位后继续施工；如存在质量问题，则需与原施工单位协商处理责任及费用，必要时通过法律途径解决，并要求新施工单位对问题进行整改。

四、法律责任追究

1. 行政责任：资质不符的施工单位可能面临建设行政主管部门的严厉行政处罚，如责令停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等。同时，如果工程总承包企业明知施工单位资质不符仍与其合作，也可能受到警告、罚款等处罚。

2. 民事责任：因资质问题导致项目出现质量问题、延误工期等，给建设单位或其他相关方造成损失的，施工企业和工程总承包企业需承担相应的民事赔偿责任。工程总承包企业在承担赔偿后，有权依据合同条款向施工单位追偿。

3. 刑事责任：在极端严重的情况下，如施工单位通过非法手段获取项目或因资质问题导致重大安全事故，相关责任人可能触犯刑法，面临刑事处罚。

五、合同解除与举报

• 如果施工单位无法整改达标或拒绝整改，工程总承包企业应考虑解除与其的合作关系。在解除合同前，应做好充分的法律准备，并咨询专业律师意见，以避免潜在的纠纷或法律风险。
• 同时，工程总承包企业或相关方有权向相关监管部门举报施工单位的资质问题，以维护市场秩序和保护其他合法施工企业的权益。

综上所述，处理施工单位资质不符的问题需要迅速、果断且严谨的态度。在确保工程质量和安全的前提下，应尽快采取措施解决问题，并尽可能减少因此而产生的损失和影响。各方应积极配合，共同维护工程项目的顺利进行和市场的公平竞争环境。