结论前置：项目经理同时参与两个在建项目是否合法，需根据具体情况及相关法律法规综合判断。一般情况下，若违反相关法律法规或合同约定，则不合法，并可能面临法律后果。

一、法律法规层面

1. 《注册建造师执业管理办法》：

   • 该办法明确规定，注册建造师不得同时在两个及以上建设工程项目上担任施工单位项目负责人。这是从执业资格管理的角度，对项目经理同时参与多个项目进行的限制。

2. 《房屋建筑和市政基础设施项目工程总承包管理办法》：

   • 类似地，该办法也规定工程总承包项目经理不得同时在两个或以上工程项目担任相应职务，包括施工项目负责人等。这进一步强调了项目经理在项目管理中的唯一性和专注性。

3. 地方建筑市场管理规定：

   • 许多地方建设主管部门对项目经理在建工程情况进行严格监管，通常规定一个项目经理原则上只能同时负责一个在建工程项目。这些规定可能因地区而异，但核心目的都是确保工程质量和进度，防止项目经理精力分散。

二、合同约定层面

• 发承包双方在施工合同中可能会自行约定关于项目经理在建工程的限制条款。这些条款可能涉及项目经理的唯一性、在建工程的数量限制、违约责任等。若项目经理违反这些约定，则需承担相应的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。

三、法律后果层面

1. 投标无效：

   • 若项目经理在参与新项目投标时，违反招标文件规定或相关法律法规，同时担任其他项目的项目经理，则可能导致投标无效。

2. 行政处罚：

   • 建设主管部门可对违规施工企业进行处罚，包括警告、罚款、限制市场准入等。这些处罚措施旨在维护建筑市场的秩序和公平竞争。

3. 民事赔偿：

   • 若因项目经理违规行为给项目或相关方造成损失，项目经理及其所属企业需承担相应的民事赔偿责任。这包括但不限于因工程延误、质量问题等导致的直接和间接损失。

四、实际操作建议

1. 查询项目经理在建项目情况：

   • 在参与新项目投标或任命项目经理前，企业应仔细查询项目经理的在建项目情况，确保其符合相关法律法规和合同约定。

2. 严格遵守相关法律法规和合同约定：

   • 企业应加强对项目经理的管理和培训，确保其严格遵守相关法律法规和合同约定，避免违规行为的发生。

3. 及时处理违规行为：

   • 若发现项目经理存在违规行为，企业应及时采取措施进行处理，包括更换项目经理、承担违约责任等，以降低潜在的法律风险和经济损失。

总结与建议：项目经理同时参与两个在建项目是否合法，需根据具体情况及相关法律法规综合判断。为确保合规性，建议企业在参与新项目投标或任命项目经理前，仔细查询项目经理的在建项目情况，并严格遵守相关法律法规和合同约定。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。