药企使用假发票将面临行政处罚、刑事处罚以及可能引发的民事赔偿，具体处罚情况需根据违法情节严重程度判定。以下从不同法律角度详细分析：

一、行政处罚

根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条规定，药企使用假发票属于违反发票管理规定的行为，税务机关将责令其改正，并可以处以罚款。具体罚款金额根据违法情节的严重程度而定，一般为一万元以上五万元以下；如果情节严重，罚款金额可能高达五万元以上五十万元以下。此外，税务机关还可能收缴药企的违法所得，并停止向其出售发票，以进一步惩戒其违法行为。

二、刑事处罚

如果药企使用假发票的行为构成犯罪，将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，药企使用假发票可能涉及的罪名包括：

1. 虚开增值税专用发票罪：如果药企为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开增值税专用发票，且虚开的税款数额较大或者有其他严重情节，将构成此罪。根据虚开税款数额的大小和情节的严重程度，药企可能面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。

2. 非法购买增值税专用发票、购买伪造的增值税专用发票罪：如果药企非法购买增值税专用发票或者购买伪造的增值税专用发票，且数量较大或者有其他严重情节，将构成此罪。根据购买发票的数量和情节的严重程度，药企可能面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金。

三、民事赔偿

除了行政处罚和刑事处罚外，药企使用假发票还可能引发民事赔偿。如果药企使用假发票导致合作伙伴、消费者等第三方遭受损失，这些第三方有权要求药企承担民事赔偿责任。赔偿范围包括直接经济损失和间接经济损失，具体金额根据实际损失情况确定。

四、其他后果

药企使用假发票还可能对其声誉和信誉造成严重影响，导致客户流失、合作伙伴减少等不利后果。此外，药企还可能面临行业监管部门的处罚和限制，如吊销营业执照、取消药品生产或销售资格等。

建议：药企应严格遵守发票管理规定，确保发票的真实性和合法性。如果发现使用假发票的情况，应立即停止使用并主动向税务机关报告，积极配合调查处理，以减轻可能面临的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。