在三天后不承认发生过关系的情况下，取证是一个复杂且需要细致操作的过程。以下是从不同角度为你提供的取证建议：

1. 收集物证：

   • 衣物、床单等：如果可能，保留或收集与事件相关的衣物、床单等物品，这些物品上可能留有生物痕迹（如精液、毛发等），可以作为证据。但需注意，这些物品的收集需合法，且应尽快进行，以免痕迹消失或被污染。
   • 其他物证：如现场遗留的物品、工具等，也可能与事件相关，应一并收集。

2. 寻找目击证人：

   • 在场人员：如果有其他人在场，他们的证言可能至关重要。应尽快联系并记录他们的陈述，包括时间、地点、事件经过等细节。
   • 间接证人：如知道双方关系或事件背景的人，他们的证言也可能对案件有帮助。

3. 利用科技手段：

   • 监控录像：如果事件发生在有监控的地方，应尽快调取并保存相关录像。监控录像可以直观地展示事件经过，是强有力的证据。
   • 通讯记录：检查双方的通讯记录，包括短信、微信、电话等，看是否有与事件相关的信息。这些记录可能揭示双方的关系、事件的时间线等。
   • 电子数据：如电脑、手机等设备中的数据，可能包含与事件相关的信息，如聊天记录、照片、视频等。但需注意，电子数据的收集需合法，且应确保数据的完整性和真实性。

4. 医学鉴定：

   • 伤情鉴定：如果一方在事件中受伤，应及时进行伤情鉴定。伤情鉴定可以确定伤势的严重程度、受伤时间等，为案件提供重要证据。
   • 生物痕迹鉴定：如前所述，衣物、床单等物品上的生物痕迹可以进行鉴定，以确定是否与另一方有关。

5. 法律程序与策略：

   • 及时报警：如果认为可能涉及犯罪，应立即向警方报案。警方会进行调查，并收集相关证据。
   • 律师协助：在取证过程中，建议寻求专业律师的协助。律师可以提供法律建议，指导你如何合法、有效地收集证据，并在必要时代表你出庭。

在取证过程中，需特别注意以下几点：

• 合法性：所有证据的收集必须合法，不得侵犯他人的合法权益。非法证据可能被法院排除，无法作为定案的依据。
• 及时性：证据可能随时间流逝而消失或被污染，因此应尽快收集并保存。
• 完整性：证据应尽可能完整，以全面反映事件经过。例如，监控录像应包含事件发生前后的时间段，通讯记录应包含与事件相关的所有信息。

若证据不足或存在争议，可能面临的法律后果：

• 如果证据不足以证明发生过关系，或者双方对证据存在争议，法院可能无法作出明确的判决。在这种情况下，可能需要进一步的调查或证据收集。
• 如果一方被指控犯罪（如强奸），但证据不足，指控方可能无法成功起诉。同时，被指控方也可能面临名誉损害等后果。

最后，需要强调的是，取证是一个复杂且需要专业指导的过程。如果你面临这样的情况，建议尽快咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。