针对已经建好的违章建筑，其处理方式需要综合考虑法律、安全、社会影响等多方面因素，并遵循一系列法定程序。以下是对此问题的详细解答：

一、调查认定

1. 启动与调查： 当相关部门（如城乡规划主管部门、城市管理综合执法部门）发现可能存在的违章建筑时，会立即启动调查程序，进行初步核实。这一步骤是确保后续处理合法性的基础。

2. 证据收集： 执法人员会通过现场勘查、拍照记录、询问当事人及查阅档案资料等方式，全面收集证据。这些证据将用于证明该建筑是否构成违章，如是否取得建设工程规划许可证、是否按许可规定建设等。

3. 认定作出： 基于收集的证据和《城乡规划法》等相关法律法规，相关部门会对建筑是否属于违章建筑作出正式认定。未取得建设工程规划许可证或未按许可规定建设的建筑，通常会被认定为违章建筑。

二、责令整改与处罚

1. 限期改正： 若违章建筑可通过改正措施消除对规划的影响，相关部门将下达责令限期改正通知书。这要求当事人在规定期限内采取改正措施，如补办审批手续或拆除超出许可范围的部分。

2. 罚款处罚： 对于违章建筑，无论是否可改正，相关部门均可能根据违章面积、影响程度等因素，依法对建设单位或个人处以罚款。罚款数额有明确的标准范围，并会根据具体情况进行调整。

三、强制拆除

1. 拆除决定： 若违章建筑无法改正或当事人未在规定期限内整改，相关部门将依法作出强制拆除决定，并下达强制拆除通知书。通知书内容应明确包括当事人的信息、拆除理由、拆除期限及行政复议或诉讼的途径和期限。

2. 催告履行： 在强制拆除前，相关部门会书面催告当事人履行拆除义务，并告知其陈述权和申辩权。这是确保当事人权益的重要步骤。

3. 实施拆除： 若当事人在法定期限内既不申请复议或诉讼，又不自行拆除，行政机关将依法实施强制拆除。拆除费用由违法建筑当事人承担。拆除过程中，执法部门将确保安全有序，并记录现场情况。

四、其他处理方式

1. 补办手续合法化： 对于符合城市规划要求，且不存在重大安全隐患的违章建筑，当事人可以向相关部门提交补办规划许可、施工许可等手续的申请。经审核与批准后，违章建筑将纳入正常管理范围。

2. 没收实物或违法收入： 对于以非法盈利为目的建设的违章建筑，或严重违反法律法规和规划要求的违章建筑，相关部门可依法没收其实物或违法收入，并根据实际情况进行合理处置。

3. 临时保留与监管： 对于因历史原因或特殊情况形成的违章建筑，暂时无法拆除或补办手续，且对城市规划和公共安全影响较小的，相关部门可以允许其暂时保留，并加强监管。同时，制定长期计划逐步解决违章建筑问题。

五、法律救济途径

当事人对处理决定不服的，可在规定时间内提起行政复议或行政诉讼，以维护自身合法权益。但提起诉讼需有充分理由和证据支持。

总结：

面对已建好的违章建筑，相关部门将依据法律法规进行调查认定，并根据违章情况采取相应的处理措施。当事人应积极配合调查，并在规定期限内采取相应措施。同时，为避免不必要的麻烦和损失，建议建设单位或个人在建房前务必遵守相关法律法规和规划要求。如果确实遇到了违章建筑问题，也请保持冷静，通过合法途径寻求解决方案。