结论前置：迟到两分钟被算作旷工半小时是否违法，主要取决于用人单位的规章制度中是否有明确规定，并且该规定需符合法律法规的要求。若规章制度中无明确规定或规定不合法，则此做法通常违法；若规章制度中有明确且合法的规定，则可能不违法，但实践中这种情况较为少见且合理性存疑。
详细分析：
规章制度的决定性作用：
- 用人单位的规章制度是判断此类行为是否合法的重要依据。如果规章制度中明确规定迟到一定时长（如两分钟）即算作旷工半小时，并且这一规定是通过民主程序制定、已向员工公示告知，且不违反法律法规的强制性规定，那么从形式上看，用人单位的做法似乎有“依据”。但实践中，将如此短暂的迟到时间直接等同于旷工半小时的规定极为罕见，且很可能因显失公平而被认定为无效。
- 反之，如果规章制度中没有对迟到两分钟作出明确界定为旷工半小时的规定，或者虽然有所规定但制定程序不合法、内容违反法律法规（如违反《劳动法》中关于劳动者取得劳动报酬的权利等），那么迟到两分钟被算作旷工半小时的做法显然违法。
法律对旷工及劳动报酬的规定：
- 从法律角度来看，旷工通常指的是劳动者未请假或请假未批准的缺勤行为。迟到并不直接等同于旷工，更不应被随意扩大为更长时间的旷工。
- 《中华人民共和国劳动法》第三条明确规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利。这意味着员工只要按照劳动合同的约定提供了劳动，就有权获得相应的报酬。迟到两分钟并不等同于未提供劳动，只是劳动开始时间有所延迟，因此不能简单地将其视为旷工半小时并扣除相应工资。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条第一款也规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果企业因迟到两分钟就扣除员工半小时的工资，这显然与按时足额支付劳动报酬的要求相悖。
规章制度的合理性要求：
- 规章制度不仅需要合法，还需要合理。将迟到两分钟算作旷工半小时的规定，在合理性上存在严重问题。员工可能因各种不可预见或不可避免的原因（如交通拥堵、突发情况等）而短暂迟到，这种情况下，将迟到时间如此夸大地计算为旷工时间，显然不符合实际工作情况，也不公平。
员工的权益保护与应对措施：
- 如果员工对用人单位的此类做法不服，有权与用人单位进行沟通协商，要求其说明依据并改正不合理的规定。
- 若协商不成，员工认为自身权益受到侵害，可以向当地劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据（如考勤记录、工资条、规章制度等）来支持自己的主张。
建议：
- 对于用人单位而言，应制定合理、合法的考勤制度和处罚措施，避免将短暂的迟到时间夸大地计算为旷工时间。例如，可以规定迟到一定时间（如15分钟以内）给予口头警告或扣除少量全勤奖等。
- 对于员工而言，应了解并遵守用人单位的规章制度，但同时也有权在认为自己权益受到侵害时寻求法律途径进行维权。在遇到不合理规定时，要敢于提出异议并维护自己的合法权益。
总结：迟到两分钟被算作旷工半小时的做法，在大多数情况下是违法的或至少是不合理的。员工在遇到此类情况时，应积极与用人单位沟通协商或寻求法律途径进行维权。