当被告公司在申请执行前注销了，这确实会给执行工作带来一定的挑战，但并非无法解决。以下是根据相关法律法规及具体案情，为您提供的详细分析和建议：
一、判断公司注销程序是否合法
依法清算后注销：
- 如果公司在注销前已经依法完成了清算程序，并且清算报告显示债权债务已经清理完毕，那么公司的民事主体资格消灭，原则上不再承担民事责任。但在此情况下，如果清算组成员在清算过程中存在违法行为，如恶意处置财产或提交虚假清算报告，导致债权人未及时申报债权而未获清偿，债权人仍有权要求清算组成员承担赔偿责任。
未经依法清算即注销：
- 如果公司未经依法清算即办理了注销登记，那么根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第六十四条以及《公司法》的相关规定，债权人可以以其股东、发起人或者出资人为当事人提起诉讼，要求这些主体对公司债务承担清偿责任。这是因为他们的行为侵害了债权人的利益，应当承担相应的法律责任。
二、根据注销情况采取相应措施
依法清算并注销，但清算报告有问题：
- 如果发现清算报告存在遗漏债务等问题，债权人可以收集证据，向法院报告，并申请采取相应措施，如追加清算组成员为被告，要求其承担赔偿责任。
未经依法清算即注销：
- 在此情况下，债权人应尽快收集并保存与公司注销相关的所有证据，如公司注销登记材料、清算报告（如有）、股东会决议等。
- 及时向法院报告被告公司注销情况，并申请追加股东、发起人或出资人为被告，要求他们承担清偿责任。
- 如果股东或者第三人在公司登记机关办理注销登记时承诺对公司债务承担责任，债权人也可以主张其对公司债务承担相应民事责任。
注销程序存在瑕疵：
- 如果公司注销存在程序上的瑕疵，如提交虚假材料骗取注销登记，利害关系人可以向工商行政管理部门申请撤销公司注销登记，恢复公司主体资格。恢复后，债权人可以继续以该公司为被告进行诉讼，要求其承担相应债务。
三、法院处理方式与债权人应对
法院处理方式：
- 法院在接到债权人报告后，会依法审查公司注销情况，并根据具体情况通知清算主体参加诉讼并承担责任，或者认定注销无效，继续诉讼。
- 如果无法确定清算主体或清算主体无法担责，法院会综合考虑后作出裁决，以保障债权人的权益。
债权人应对：
- 债权人应与法院保持沟通，了解案件进展，及时提供所需证据材料。
- 在必要时，寻求专业律师的帮助，制定追债方案，确保自己的权益得到最大程度的保护。
四、法律依据与注意事项
- 法律依据：主要包括《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》和《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》的相关规定。
- 注意事项：债权人在处理此类案件时，应特别注意诉讼时效问题，确保在法定时效内提起诉讼或申请执行。同时，保留好所有证据材料，以便在诉讼过程中提供有力支持。
综上所述，当被告公司在申请执行前注销了，债权人应根据具体情况选择合适的法律途径来维护自己的权益。在实际操作中，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。