驾驶无合法手续的摩托车（俗称“黑车”）被查获，将面临行政处罚，情节严重的可能涉及刑事责任。具体处罚需结合车辆来源、使用目的、是否造成危害后果等因素综合判断，以下是详细分析：

1. 行政处罚：核心依据《道路交通安全法》及地方性法规

• 车辆扣留与没收：
  根据《道路交通安全法》第95条，驾驶无号牌、无行驶证或未投保交强险的机动车，公安机关可扣留车辆，并要求提供合法证明（如购车发票、合格证等）。若无法提供或车辆来源非法（如盗抢、拼装），车辆可能被依法没收。
• 罚款与拘留：
  
  • 若车辆仅未登记上牌，可能面临200元以下罚款，并扣留车辆直至补办手续。
    
  • 若车辆来源非法（如明知是盗抢车辆仍购买使用），根据《治安管理处罚法》第60条，可处5-15日拘留，并处500-1000元罚款。
• 驾驶证处理：
  若驾驶人无驾驶证或准驾不符，根据《道路交通安全法》第99条，可处200-2000元罚款，并处15日以下拘留；若构成无证驾驶，车辆可能被暂扣直至取得驾驶证。

2. 刑事责任：涉及严重违法或犯罪行为

• 掩饰、隐瞒犯罪所得罪：
  若车辆为盗抢、拼装或报废车辆，且驾驶人明知仍购买使用，根据《刑法》第312条，可能构成掩饰、隐瞒犯罪所得罪，处3年以下有期徒刑、拘役或管制，并处或单处罚金；情节严重的（如车辆价值较高、多次实施），处3-7年有期徒刑。
• 危险驾驶罪：
  若驾驶“黑车”过程中存在追逐竞驶、醉驾、严重超速等危险行为，根据《刑法》第133条之一，可能构成危险驾驶罪，处拘役（1-6个月）并处罚金。

3. 特殊情形：车辆来源合法但手续不全

• 若车辆为合法购买但未及时登记上牌，或遗失证件未补办，处罚相对较轻，通常以补办手续、罚款为主，车辆一般不会被没收。
  
• 若车辆为进口但未通过3C认证或未缴纳关税（俗称“水车”），可能涉及走私普通货物罪（根据《刑法》第153条），但此情形更多针对销售者而非普通使用者。

4. 实务建议：如何降低风险？

• 立即停止使用：若车辆无合法手续，应主动停止驾驶并配合调查，避免因逃避检查加重处罚。
  
• 提供合法证明：若车辆来源合法但手续不全，尽快补办登记、保险等手续，并向公安机关说明情况。
  
• 咨询专业律师：若车辆涉及盗抢、拼装或已进入刑事程序，建议及时委托律师介入，争取从轻处理（如自首、立功等情节）。

总结：驾驶“黑车”的处罚从行政罚款到刑事追责不等，关键在于车辆来源是否合法、驾驶人是否明知以及是否造成危害后果。若您或身边人涉及此类情况，可直接向我咨询具体应对方案。