针对您提出的“法人股东注销后其持有的股权怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，法人股东注销后，其持有的股权处理方式需严格遵循公司章程、公司法及相关法律法规的规定，以确保处理的合法性和公正性。具体来说，股权的处理方式主要包括以下几种：
一、依据公司章程处理
公司章程是公司治理的基本准则，若公司章程对法人股东注销后股权的归属和处置方式有明确约定，那么应严格按照章程规定执行。这是处理此类问题的首要原则。
二、清算分配
正常清算：当法人股东经过合法清算程序注销时，其持有的股权将作为资产纳入清算范围。在清算过程中，首先会用于清偿债务，剩余财产则按照法定顺序分配给法人股东的出资人或股东。
清算瑕疵：如果清算过程中存在瑕疵，比如清算程序不合法、清算结果不公正等，那么相关利害关系人可以依法要求对已注销法人股东的资产（包括股权）进行重新清理和分配。
三、股权转让
内部转让：如果其他股东愿意受让注销股东的股权，那么可以按照公司章程规定的程序进行内部转让，并办理股权变更登记手续。
外部转让：如果没有股东愿意受让，那么可以考虑对外转让。对外转让时，需要遵守公司法的规定，通知其他股东并保障其优先购买权。
注销后转让追认：如果注销前未明确处置股权，但注销后相关主体认为股权有价值，那么可以与公司及股东协商合理转让。此时，需要提供充分证据证明处分权，并按照规范流程办理手续。
四、继承
如果法人股东因合并、分立等原因注销，那么其权利和义务将由合并、分立后的法人继承，股权也相应由新法人承继。
五、特殊情况处理
股东人数低于法定最低数：如果因法人股东注销导致公司股东人数低于法定要求，那么公司应进行变更登记或启动清算程序。
违法违规行为：如果注销过程中存在违法或违规行为，那么股权处理可能引发争议。此时，需要通过法律途径解决争议，确保股权处理的合法性和公正性。
六、后续手续与文件保留
在整个处理过程中，应及时办理股权变更登记等相关手续，以维护公司和其他股东的合法权益。同时，相关各方应妥善保留文件和资料，以备日后查询和证明之用。
综上所述，法人股东注销后股权的处理方式需综合考虑多方面因素，包括公司章程、清算程序、股权转让、继承以及特殊情况处理等。在实际操作中，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和指导，确保处理过程的合法性和合规性。