若法庭判决后双方达成调解协议，可通过以下两种方式处理，具体取决于调解协议的形成阶段和内容：

1. 若调解协议在法庭主持下达成（如判决后执行阶段调解）
   根据《民事诉讼法》第2三十七条，在执行程序中，双方可自行达成和解协议。此时需向法院提交书面和解协议，法院会审查协议内容是否合法、自愿。若协议通过审查，法院将出具《执行和解协议》或直接裁定终结执行程序。
   关键点：

   • 调解协议需明确履行方式、期限及违约责任（如未履行可恢复原判决执行）；
     
   • 若一方反悔，另一方可申请恢复原判决执行，但需在履行期限届满后2年内提出。

2. 若调解协议在法庭外达成（如判决后双方私下协商）
   此时需通过法院确认协议效力，具体步骤为：

   • 步骤一：双方签订书面调解协议，建议由律师起草或审核条款；
     
   • 步骤二：共同向原审法院申请制作《民事调解书》，法院会审查协议是否自愿、合法；
     
   • 步骤三：法院出具调解书后，原判决书视为被撤销，调解书具有强制执行力。
     关键点：
     
   • 调解书内容需与原判决无实质冲突（如赔偿金额可协商调整，但不得违反法律强制性规定）；
     
   • 若涉及财产处分（如房产过户），需在调解书中明确履行义务及期限。

风险提示：

• 若调解协议未通过法院确认，一方反悔时，另一方需重新起诉确认协议效力，增加诉讼成本；
  
• 调解协议中建议设置“担保条款”（如第三人担保、财产抵押），降低对方违约风险。
  

建议行动：

1. 立即将调解协议内容书面化，明确双方权利义务；
   
2. 携带协议文本及原判决书，共同向法院申请确认效力；
   
3. 若涉及复杂财产处置，可委托律师协助起草协议并办理公证。
   

如有具体协议条款或执行问题，可直接向我咨询，我会结合协议内容进一步分析。