结论概述：
在注册资金为100万的公司中，持有5%股份的股东应承担的义务主要包括出资义务、遵守公司章程的义务以及不滥用股东权利的义务。这些义务的具体内容和范围，需结合公司章程、相关法律法规以及股东之间的协议来综合确定。
详细分析：
出资义务：
- 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。这是股东最基本的义务之一。
- 具体计算：在注册资金为100万的公司中，持有5%股份的股东应认缴的出资额为5万（即100万 * 5%）。股东需按照公司章程规定的时间和方式，将这部分资金足额缴纳至公司账户。
- 法律后果：如果股东未按照约定履行出资义务，除了需要向公司足额缴纳外，还可能需要对其他股东承担违约责任，并可能面临公司或其他股东的起诉。
遵守公司章程的义务：
- 法律依据：公司章程是公司的重要法律文件，对股东、董事、监事、高级管理人员等均具有约束力。股东应当遵守公司章程的规定，不得违反章程中的任何条款。
- 具体内容：这包括但不限于股东会的召开和表决程序、股东权利的行使方式、公司利润的分配方式等。持有5%股份的股东，虽然股份比例不高，但仍需严格遵守公司章程的各项规定。
不滥用股东权利的义务：
- 法律依据：股东在行使权利时，不得损害公司、其他股东或债权人的利益。这是股东诚信义务的重要组成部分。
- 具体表现：例如，股东不得利用关联交易损害公司利益，不得操纵股东会或董事会作出不利于公司的决议，不得泄露公司商业秘密等。持有5%股份的股东，虽然可能无法单独决定公司重大事项，但仍需注意不滥用其股东权利。
其他注意事项：
- 股东协议：如果股东之间签订了股东协议，那么协议中的条款也可能对股东义务产生约束。因此，在确定股东义务时，除了考虑公司章程和法律法规外，还需考虑股东协议的相关内容。
- 特殊情况：在某些特殊情况下，如公司增资、减资、合并、分立等，股东可能需要承担额外的义务或享有额外的权利。这些情况需根据具体法律法规和公司章程的规定来确定。
建议与行动：
- 仔细阅读公司章程：作为股东，应仔细阅读公司章程，了解自己的权利和义务，确保自己的行为符合章程规定。
- 咨询专业意见：如果对公司章程或相关法律法规有疑问，建议咨询专业律师或法律顾问，以获取准确的法律意见。
- 积极参与公司治理：作为股东，应积极参与公司治理，关注公司运营状况，维护自己和其他股东的合法权益。
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