面对公司扣员工工资的情况，作为员工，你可以按照以下步骤来处理，以维护自己的合法权益：
一、了解扣工资的法律依据
首先，你需要明确公司扣工资是否合法。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在特定情形下可以代扣劳动者工资，如代扣代缴个人所得税、社会保险费用，以及法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。此外，如果因你本人原因给用人单位造成经济损失，公司可按照劳动合同的约定要求你赔偿经济损失，但这部分赔偿从工资中扣除时，每月扣除的部分不得超过你当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果公司扣工资的行为不符合上述法定情形，那么就是违法的。
二、与公司沟通协商
- 深入沟通：你应该首先尝试与公司的人力资源部门或财务部门进行深入沟通，了解扣工资的具体原因，并要求公司给出合理解释和补偿方案。
- 保存沟通记录：在沟通过程中，明确指出扣工资可能违反了相关法律法规和劳动合同约定，并保存好沟通记录，如谈话录音、邮件往来等，作为后续证据。
三、向劳动监察部门投诉
- 投诉准备：若与公司协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉。投诉时，需提供充分证据，如工资条、银行流水、考勤记录、工作邮件等，以证明公司存在扣工资的行为。
- 投诉流程：劳动监察部门在接到投诉后，将依法进行调查处理。若查证公司确实存在违法行为，将责令公司限期改正，补发被扣工资，并可能对公司处以罚款等行政处罚。
- 处理时间：一般来说，劳动监察部门会在自立案之日起60个工作日内完成调查处理；情况复杂的，经批准可以延长30个工作日。
四、申请劳动仲裁
- 仲裁准备：若对劳动监察部门的处理结果不满意，或认为公司扣工资行为严重侵犯了自己的合法权益，你可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 仲裁流程：申请时，需提交书面仲裁申请，写明双方当事人的基本信息、仲裁请求、事实和理由等内容，并附上相关证据材料。仲裁委员会在收到申请后，将对申请进行审查，符合受理条件的将予以立案受理，并通知双方当事人参加仲裁庭审。庭审过程中，双方当事人可进行陈述、举证、质证和辩论。仲裁委员会将根据双方提供的证据和相关法律法规作出裁决。
- 仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从你知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。
五、提起诉讼
若对劳动仲裁裁决不服，你可以在收到裁决书之日起15日内向人民法院提起诉讼。起诉时需向法院提交起诉状、相关证据以及仲裁裁决书等材料。法院受理后，将按照法定程序进行审理，包括开庭审理、法庭调查、法庭辩论等环节。最后，法院将根据审理结果作出判决。
六、综合注意事项
- 保持冷静理性：在整个维权过程中，避免采取过激行为，保持冷静和理性。
- 了解法律法规：充分了解相关法律法规和维权程序，以便更好地维护自己的权益。
- 证据真实有效：在收集证据时，确保证据的真实性和有效性，避免提供虚假证据或无效证据。这包括但不限于工资条、银行流水、考勤记录、工作邮件、沟通记录等。
综上所述，面对公司扣工资的情况，你应依次采取沟通协商、投诉、仲裁、诉讼等合法途径来维护自己的权益，并确保在整个过程中保持冷静理性，充分了解法律法规，收集真实有效的证据。