综合用工制（通常指综合计算工时工作制）确实需要劳动部门的批准。以下是对这一问题的详细解答：
首先，根据《中华人民共和国劳动法》以及《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》的相关规定，企业因生产特点不能实行标准工时制的，可以实行不定时工作制或综合计算工时工作制等其他工作和休息办法。但这一实施并非企业自行决定，而是需要经过劳动部门的审批。
具体来说，对于综合计算工时工作制，它允许企业以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。这种工作制的实施，主要是为了适应那些受季节、自然条件限制或工作性质特殊，需要连续作业的行业或岗位。
在审批流程上：
中央直属企业：如果中央直属企业想要实行综合计算工时工作制，需要先经过国务院行业主管部门的审核，然后再报国务院劳动行政部门批准。
地方企业：对于地方企业，其实行综合计算工时工作制的审批办法则由各省、自治区、直辖市人民政府劳动行政部门制定，并报国务院劳动行政部门备案。这意味着不同地区的地方企业，在申请实行综合计算工时工作制时，需要遵循当地劳动行政部门的具体规定和流程。
此外，企业在实行综合计算工时工作制时，还需要确保职工的休息休假权利，并充分听取职工意见。企业应采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，来确保职工在得到充分休息的同时，也能完成生产、工作任务。
综上所述，综合用工制（综合计算工时工作制）确实需要劳动部门的批准，且审批流程因企业类型（中央直属企业或地方企业）和地区而异。企业在申请实行时，应详细了解并遵循当地劳动行政部门的相关规定和流程。