结论：招标项目已签订施工合同后，双方在特定条件下是可以签订变更协议的，但必须严格遵守相关法律法规和合同约定。
一、可以签订变更协议的情形
双方协商一致：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。
- 实际应用：在施工合同履行过程中，如果因为设计变更、工程量增减等原因，导致原合同内容需要调整，双方可以经过友好协商，达成一致意见后签订变更协议。例如，因地质条件变化导致基础工程施工方案需要调整，双方可以协商变更相关条款并签订补充协议。
出现法定变更事由：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如因不可抗力、情势变更等导致合同履行显失公平时，一方可以请求变更合同。
- 实际应用：如果施工过程中遇到不可抗力因素（如自然灾害、政策调整等），导致原合同无法继续履行或履行成本大幅增加，双方可以根据实际情况协商变更合同条款。例如，因地震导致工程无法按计划施工，双方可以协商变更工期和价款等条款。
二、签订变更协议的限制条件
不得实质性变更：
- 法律依据：根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
- 实际应用：在签订变更协议时，双方应确保变更内容不涉及原合同的实质性条款，如标的、数量、质量、价格、支付方式、时间、地点、违约责任等。否则，可能构成违法变更，面临法律责任。
遵循法定程序：
- 要点说明：如果合同变更涉及审批、登记等法定程序，双方应按规定办理相关手续。特别是涉及公共资源交易的招标合同变更，可能需原审批部门批准。
- 实际操作：在签订变更协议前，双方应了解并遵守相关法律法规和程序规定，确保变更行为的合法性。例如，对于需要审批的变更事项，应及时向相关部门提交申请并等待批准。
三、签订变更协议的建议
- 书面形式：合同的变更应以书面形式进行，明确约定变更内容、双方的权利义务等，以确保双方的权益得到充分保障。
- 明确变更原因和依据：在变更协议中应详细说明变更的原因和依据，以便在后续履行过程中或发生纠纷时能够明确责任和义务。
- 及时沟通协商：在签订变更协议前，双方应充分沟通协商，确保变更内容符合双方的实际需求和利益。同时，在变更协议签订后，双方也应保持密切联系，及时解决可能出现的问题。
举例说明：假设在一个建筑工程招标项目中，双方已经签订了施工合同。但在施工过程中，由于设计变更导致工程量增加，原合同中的工期和价款等条款需要调整。此时，双方可以经过友好协商，达成一致意见后签订变更协议，明确新的工期和价款等条款。这样既能确保工程的顺利进行，又能维护双方的合法权益。
总之，招标项目已签订施工合同后，双方在特定条件下是可以签订变更协议的。但必须严格遵守相关法律法规和合同约定，确保变更的合法性、有效性和公平性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。