针对您提出的“程序违法建筑怎么处理”的问题，以下是一个详细且深入的解答：

一、违法建筑的定义与认定

违法建筑，通常指的是未经规划土地主管部门批准，未取得建设工程规划许可证或临时建设工程规划许可证，擅自建筑的建筑物和构筑物。其认定需综合考虑建筑物的建设时间、地点、用途以及是否符合规划要求等多个因素。

二、处理主体及职责

1. 县级以上地方人民政府城乡规划主管部门：主要负责城市规划区内的违法建筑处理工作，包括查处未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定进行建设的行为。
2. 乡、镇人民政府：负责乡、村庄规划区内的违法建筑处理工作，对未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定进行建设的行为进行查处。
3. 土地行政主管部门：针对违反土地管理法律法规，非法占用土地建设的违法建筑进行查处。

三、处理方式及程序

1. 立案与调查

• 发现线索：执法部门通过日常巡查、群众举报、媒体曝光等途径发现违法建筑线索，并进行初步核实。
• 立案受理：经初步核实后，对涉嫌违法的行为予以立案受理，并制作相关审批表。
• 现场勘查与取证：执法人员到现场进行勘查，制作检查笔录和勘验笔录，拍摄现场照片或录像，收集相关证据材料。
• 询问当事人：了解当事人的基本情况、违法事实、动机及后果等，并要求其提供相关证件的原件及复印件。

2. 审核与决定

• 案件审理：承办人员根据调查结果撰写调查报告，提出处理意见，并召开案件审理会议集体讨论。
• 告知权利：向当事人送达行政处罚事先告知书，告知其拟作出的处罚决定及依据，并听取其陈述和申辩。
• 作出决定：根据审理结果，制作行政处罚决定书，明确处罚种类、幅度及履行方式，并送达当事人。

3. 执行与监督

• 自行拆除：对于轻微违法且当事人愿意配合的情况，可责令其限期自行拆除，并提交拆除证明材料经执法部门验收。
• 强制拆除：对于逾期未自行拆除或拒不配合的当事人，依法实施强制拆除。在拆除前需制定详细方案，并报请政府批准后组织实施。
• 后续监管：对已拆除的违法建筑进行跟踪检查，防止复建，并加强日常巡查力度。

4. 其他处理方式

根据违法建筑的具体情况，还可能采取没收违法所得、没收实物、罚款等处理方式。

四、法律救济与结案

• 法律救济途径：当事人对行政处罚决定不服的，可在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。执法部门应依法应诉，维护行政处罚决定的合法性。
• 结案归档：案件执行完毕后，及时整理案件材料并归档保存，对案件进行总结分析，为今后的执法工作提供参考。

五、注意事项

1. 依法依规：所有处理过程必须严格遵守法律法规，确保程序的合法性和正当性。
2. 保护权益：充分保障当事人的合法权益，如听证权、陈述申辩权等，确保处理工作的公正性。
3. 注重实效：提高处理工作的效率和效果，及时消除违法建筑对城市规划和社会秩序的影响。
4. 加强宣传与教育：通过多种渠道加强法律法规的宣传和教育，提升公众的法律意识和遵守规划的自觉性。

综上所述，程序违法建筑的处理是一个涉及多个环节和方面的复杂问题，需要各相关部门密切配合，严格按照法律法规和程序进行操作。希望以上解答能对您有所帮助。