针对您提出的问题，即两个满16岁的未成年人发生关系该如何处理，这确实是一个涉及法律与道德层面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，从法律角度来看，在我国，已满16周岁的未成年人，在法律上被视为具有一定的民事行为能力和刑事责任能力。对于两个已满16周岁的未成年人之间自愿发生的性关系，如果双方都是出于自愿，且没有受到强迫、诱导或欺骗，那么这种行为在法律上通常不被视为犯罪。但这里需要强调的是，尽管法律上可能不构成犯罪，但这样的行为仍然需要谨慎对待，因为它涉及到未成年人的身心健康和未来发展。

然而，我们必须明确的是，未成年人的身心发育尚未成熟，他们可能无法充分理解性行为的后果和责任。因此，即使双方都是自愿的，这样的行为也可能对他们的身心健康造成不良影响。此外，如果其中一方或双方在性行为后感到后悔、焦虑或受到其他心理困扰，那么及时的心理咨询和支持就显得尤为重要。

接下来，从道德和社会责任的角度来看，我们应该教育未成年人树立正确的性观念和价值观。性行为不仅仅是个人行为，它还涉及到对他人和社会的责任。未成年人应该了解性行为的后果，包括可能的健康风险、心理影响以及法律责任等。同时，家长、学校和社会也应该共同努力，为未成年人提供一个健康、积极的成长环境，帮助他们树立正确的性观念和道德观念。

最后，如果双方或其中一方在性行为后遇到了问题或困扰，建议及时寻求专业的心理咨询或法律帮助。心理咨询师可以帮助他们处理心理困扰，提供必要的支持和指导；而法律专业人士则可以提供法律咨询和援助，帮助他们了解自己的权利和义务，以及可能面临的法律责任。

综上所述，对于两个满16岁的未成年人发生关系的问题，我们应该从法律、道德和社会责任等多个角度进行综合考虑。在保护未成年人合法权益和身心健康的同时，也要教育他们树立正确的性观念和价值观，帮助他们健康成长。