结论前置：逾期超过90天还清了，确实会对贷款产生一定影响，但具体影响的程度取决于多个因素，包括逾期次数、逾期后的还款行为、金融机构的政策等。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
信用记录受损：
- 逾期超过90天，这一不良记录会被记录在个人征信报告中，对信用记录造成显著损害。金融机构在审批贷款时，会重点查看借款人的征信报告，逾期记录会成为他们评估借款人信用状况的重要依据。即使后续还清了欠款，逾期记录仍然会存在一段时间（通常为5年），对贷款审批产生负面影响。
贷款难度增加：
- 存在逾期记录的借款人在未来申请贷款时，可能会面临更大的困难。银行或其他金融机构可能会因为借款人的信用历史不佳而拒绝其贷款申请，或者提供更严格的还款条件和更高的利率。特别是当逾期次数较多、逾期时间较长时，对贷款审批的负面影响会更大。不过，如果借款人能够证明逾期是特殊原因造成的，如突发疾病、失业等，并且后续还款行为良好，部分金融机构可能会给予一定的宽容。
贷款利率上升和额度减少：
- 即使借款人能够获得贷款，由于逾期记录的存在，金融机构可能会要求借款人支付更高的利率，以弥补潜在的违约风险。同时，贷款额度也可能会相应减少，因为金融机构会认为借款人的还款能力或还款意愿存在一定问题。
其他金融活动受限：
- 逾期还可能影响借款人参与其他金融活动的能力，如办理信用卡、申请房贷、车贷等。这些金融活动通常都需要良好的信用记录作为支持，逾期记录会成为借款人申请这些金融产品的障碍。
积极还款行为的影响：
- 虽然逾期记录会对贷款产生负面影响，但借款人后续的积极还款行为可以在一定程度上弥补这一影响。如果借款人在逾期后能够按时还清欠款，并且保持一段时间的良好还款记录，金融机构可能会逐渐恢复对借款人的信任，从而在未来提供贷款时给予更优惠的条件。
法律建议：
- 为了避免逾期对贷款产生不利影响，建议借款人务必按时偿还贷款和信用卡欠款。如果确实无法按时还款，应尽快与金融机构联系并寻求解决方案，如申请延期还款、分期还款等。
- 如果已经发生了逾期，借款人应尽快还清欠款，并主动与金融机构沟通说明情况，表明自己并非恶意逾期。同时，可以要求金融机构出具非恶意逾期证明，以便在未来申请贷款时提供给其他金融机构参考。
- 借款人应定期查询自己的征信报告，了解自己的信用状况。如果发现征信报告中有错误或遗漏的信息，应及时向征信机构提出异议并申请更正。
可能法律后果：
- 如果借款人逾期情况严重，被贷款机构起诉且在法院判决后仍拒不还款，就可能会被列入失信被执行人名单。一旦进入该名单，借款人在金融机构的贷款申请几乎都会被拒绝，并且还会受到其他方面的限制，如限制高消费、限制乘坐飞机高铁等。
总之，逾期超过90天还清了确实会对贷款产生一定影响，但具体影响的程度取决于多个因素。借款人应尽可能保持良好的还款记录，以维护自己的信用状况。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。