关于设施农业用地是否应该收费的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和相关法律法规来综合判断。以下是我为您提供的详细解答：
首先，设施农业用地的办理和使用需严格遵循相关法律法规，这包括签订用地协议、进行公示、乡镇政府备案等一系列环节。在这些环节中，并未直接规定设施农业用地必须收费。实际上，设施农业用地的费用问题主要取决于用地协议中的约定以及当地政府的政策规定。
用地协议中的约定：
- 设施农业经营者与当地农村集体经济组织签订用地协议时，应明确土地位置、面积、用途、使用期限、土地复垦要求、补偿方式及违约责任等关键条款。
- 关于费用问题，如果双方协商一致并在协议中明确约定了土地使用费、复垦费或其他相关费用，那么经营者就需要按照协议约定支付相应费用。
当地政府的政策规定：
- 不同地区对于设施农业用地的政策可能有所不同，有些地区可能会根据土地性质、用途、使用期限等因素制定相应的收费标准。
- 因此，经营者在办理设施农业用地手续前，应详细了解当地政府的政策规定，以确定是否需要支付相关费用。
特殊情况下的费用问题：
- 如果设施农业用地涉及补划永久基本农田等特殊情况，可能还需要承担额外的费用，如补划费用、土地复垦费用等。
- 这些费用通常会在用地协议或相关政策文件中明确规定。
总结与建议：
- 设施农业用地是否收费并非一概而论，而是取决于用地协议中的约定以及当地政府的政策规定。
- 经营者在办理设施农业用地手续前，应详细了解并遵守相关法律法规和政策要求，与当地农村集体经济组织充分协商并签订用地协议。
- 同时，经营者也应关注当地政府的政策动态，及时了解并适应政策变化，以确保设施农业用地的合法性和合规性。
- 如果对费用问题存在疑问或争议，建议咨询当地自然资源主管部门或农业农村主管部门以获取专业解答和指导。