不合法，用人单位不得以未办理离职手续为由克扣或拖欠工资。以下从不同角度进行分析：

1. 工资支付义务的独立性
   根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条及《工资支付暂行规定》第九条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资支付是用人单位的法定义务，与劳动者是否办理离职手续无直接关联。即使劳动者未完成离职交接，用人单位也应通过其他法律途径（如主张赔偿损失）解决，而非直接扣发工资。

2. 离职手续与工资支付的逻辑关系
   离职手续（如工作交接、物品归还等）是劳动者配合用人单位完成工作衔接的附随义务，但附随义务的履行不构成工资支付的前提条件。若用人单位以未办离职手续为由拒付工资，可能涉及以下违法情形：

   • 违反《劳动合同法》第三十八条“未及时足额支付劳动报酬”的规定，劳动者可据此解除劳动合同并主张经济补偿；
     
   • 涉嫌《劳动保障监察条例》第二十六条规定的“克扣或者无故拖欠劳动者工资”，需承担行政处罚责任。

3. 例外情形与风险防范
   仅在以下特殊情况下，用人单位可暂扣部分工资，但需严格符合法定条件：

   • 劳动者造成经济损失：根据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动者因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准；
     
   • 双方明确约定：若劳动合同或规章制度中明确约定“未完成离职交接可暂扣工资”，且该条款不违反法律强制性规定（如未设置不合理条件或超额扣款），可能被认定为有效。但此类条款易因显失公平被认定无效，建议用人单位谨慎使用。

建议：

• 对劳动者：若遇用人单位以未办离职手续为由拒付工资，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张工资及可能的经济补偿；
  
• 对用人单位：应通过合法途径（如协商、仲裁或诉讼）主张离职交接相关的损失赔偿，避免直接扣发工资引发法律风险。