客运车辆载客超过额定乘员的处罚主要包括罚款、扣分、扣留机动车以及对运输单位的额外处罚，具体如下：

1. 罚款：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条的规定，公路客运车辆载客超过额定乘员的，将处以二百元以上五百元以下的罚款。
   • 如果超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货的，罚款金额将提升至五百元以上二千元以下。

2. 扣分：

   • 驾驶营运客车（不包括公共汽车）载人超过核定人数20%以上的，根据相关规定，一次扣12分。
   • 驾驶营运客车（不包括公共汽车）载人超过核定人数未达20%，或驾驶其他载客汽车载人超过核定人数20%以上的，一次扣6分。
   • 特定情况下，如驾驶校车、公路客运汽车等载人超过核定人数的不同比例，还可能分别记9分或3分，具体依据最新的交通法规执行。

3. 扣留机动车：

   • 对于有超载行为的公路客运车辆，公安机关交通管理部门将扣留机动车至违法状态消除。这意味着，车辆将被暂时扣留，直到超载的乘客被转运或超载的货物被卸载，以确保车辆符合安全标准后再放行。

4. 对运输单位的处罚：

   • 如果运输单位的客运车辆存在超员行为且经处罚不改的，对直接负责的主管人员将处以二千元以上五千元以下的罚款。这一措施旨在强化运输单位的内部管理责任，防止类似违法行为的再次发生。

法律后果与建议：

• 法律后果：超员行为不仅违反了法律法规，还极大地增加了交通事故的风险，威胁到乘客和驾驶员的生命安全。在严重情况下，如从事校车业务或者旅客运输时严重超过额定乘员载客，还可能构成危险驾驶罪，面临拘役和罚金的刑事处罚。

• 建议：因此，我强烈建议运输单位加强车辆管理，确保车辆不超载运行。同时，驾驶员也应提高安全意识，严格遵守载客规定，共同维护道路交通安全。如果发现超员行为，应及时向相关部门报告，以便及时处理并防止潜在的危险发生。

总结： 客运车辆载客超过额定乘员将面临严厉的处罚，包括罚款、扣分、扣留机动车以及对运输单位的额外处罚。这些措施旨在维护道路交通安全，保护乘客和驾驶员的生命安全。因此，务必遵守相关规定，确保行车安全。如果您有任何关于交通运输领域的法律问题，欢迎直接向我咨询。