结论：借用公司名义经营的自然人把经法院判决的款项挪作它用，这一行为是否违法，需结合具体情况判断，但通常情况下，这种行为涉嫌违法，可能构成挪用资金罪或职务侵占罪等，具体取决于款项的性质、挪用的目的及数额等因素。

分析说明：

1. 款项性质：

   • 若该款项属于公司财产，即便自然人借用公司名义经营，也无权擅自挪用。公司财产受法律保护，任何未经授权的挪用行为都可能构成违法。
   • 若该款项虽经法院判决，但明确归属于自然人个人（尽管这种情况较为罕见，因为通常法院判决会明确款项的归属方），则自然人挪用可能不直接构成对公司财产的侵犯，但若挪用行为违反了其他法律规定（如贷款用途限制等），仍可能面临法律责任。

2. 挪用目的及数额：

   • 挪用资金罪：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十二条，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，构成挪用资金罪。若自然人作为公司名义上的经营者，实际控制公司资金，并擅自挪用，可能符合此罪构成要件。
   • 职务侵占罪：若自然人以非法占有为目的，利用职务上的便利，将公司财物占为己有，数额较大的，构成职务侵占罪。若自然人挪用款项的目的是为了非法占有，且数额达到犯罪标准，则可能构成此罪。

3. 法律后果：

   • 若构成挪用资金罪或职务侵占罪，自然人将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役或罚金等。
   • 此外，自然人还可能因违反与公司之间的约定（如借用名义时的协议）而承担民事责任，如赔偿公司损失等。

行动建议：

• 对于自然人：若您作为借用公司名义经营的自然人，切勿擅自挪用经法院判决的款项。如需使用款项，应严格按照法律规定和与公司之间的约定进行，确保资金使用的合法性和合规性。
• 对于公司：若公司发现借用名义经营的自然人擅自挪用款项，应及时收集证据，向公安机关报案，并考虑通过民事诉讼途径追究自然人的民事责任，以维护公司合法权益。

特殊场景：

• 若自然人挪用款项的行为涉及多个主体或复杂法律关系（如存在多个债权人、款项来源复杂等），则需进一步分析具体法律关系和事实情况，以确定自然人的法律责任。

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