针对您提出的“摩托车有违法扣分但没有证件怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，无证驾驶摩托车本身就是一种违法行为。根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，无证驾驶者将面临罚款、拘留以及车辆暂扣等处罚。具体来说：
罚款与拘留：
- 公安机关交通管理部门有权对无证驾驶者处以二百元以上二千元以下的罚款。
- 同时，根据违法情节的轻重，还可能并处15日以下的拘留。
车辆暂扣：
- 您的摩托车可能会被公安机关交通管理部门暂扣，直至您接受相应的处罚并处理完违章记录。
违章记录与处理：
- 虽然无证驾驶者不能直接扣分（因为扣分是针对有驾驶证的驾驶者的），但您的违章行为会被详细记录。
- 在处理完此次违章之前，您可能无法顺利通过驾驶证的报考流程。车管所在受理驾驶证报考申请时，会查询申请人的违章记录，若存在未处理的违章，将不予受理。
针对您当前的情况，我建议您采取以下措施：
积极配合调查与处理：
- 尽快前往当地公安机关交通管理部门，如实陈述事实，接受相应的法律责任。
- 按照要求缴纳罚款，并接受可能的拘留处罚（如果适用）。
处理违章记录：
- 询问并了解您的具体违章情况，包括违章时间、地点、行为等。
- 根据违章情况，按照公安机关交通管理部门的指示进行处理，确保违章记录得到及时清除。
考取驾驶证：
- 在处理完违章并接受相应处罚后，建议您尽快考取摩托车驾驶证。
- 考取驾驶证后，您将能够合法驾驶摩托车，并严格遵守交通规则，确保行车安全。
法律咨询与帮助：
- 如果您对处罚决定有异议，或者需要进一步的法律帮助和咨询，请随时联系专业律师或相关机构。
- 他们将能够为您提供更详细的法律指导和支持，帮助您更好地理解和应对当前的情况。
总之，无证驾驶摩托车是违法的，并且会带来一系列的法律后果。为了您的自身安全和合法权益，我建议您尽快处理违章记录并考取驾驶证。同时，也请您严格遵守交通规则，确保行车安全。