针对您提出的“有机动车驾驶证在开电瓶车时闯红灯被拍怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，电瓶车在多数地区被归类为非机动车，但也有一些地区根据电瓶车的性能参数（如最高时速、电机功率等）将其视为机动车进行管理。不过，不论电瓶车被归类为机动车还是非机动车，闯红灯这一行为都是违反交通规则的，会受到相应的处罚。
若电瓶车被视为非机动车：
处罚措施：根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，非机动车闯红灯通常会被处以警告或者五元以上五十元以下的罚款。由于您持有机动车驾驶证，但在此情况下，驾驶证本身并不直接关联到非机动车的处罚，不过，如果您的行为被记录并影响到您的交通信用记录，未来在处理机动车相关事务时可能会受到一定影响。
处理流程：被拍到闯红灯后，您可能会收到交警部门发出的违章通知。您需要按照通知上的要求，在规定时间内到指定地点接受处理，缴纳罚款，并可能接受交通安全教育。
若电瓶车被视为机动车：
处罚措施：如果电瓶车被当地交通管理部门视为机动车，那么闯红灯的处罚将更为严厉。根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关法规，您可能会被处以警告或二十元以上二百元以下的罚款，并且您的机动车驾驶证会被记6分。
处理流程：与处理机动车违章类似，您需要按照交警部门发出的违章通知要求，在规定时间内到指定地点接受处理。这可能包括缴纳罚款、接受扣分处理，并可能参加交通安全教育课程。
特殊情况处理：
无论电瓶车被视为机动车还是非机动车，如果您认为闯红灯是由于特殊情况（如被大型车辆遮挡视线、紧急避险或信号灯故障等）导致的，您可以向交警部门提出申诉。在申诉时，您需要提供相关证据（如行车记录仪视频、路口监控截图等）以支持您的主张。经交警部门核实后，若情况属实，可能会撤销或减轻对您的处罚。
总结与建议：
无论电瓶车被如何归类，闯红灯都是危险且违法的行为。为了您和他人的安全，请务必遵守交通规则，不要闯红灯。如果您不小心闯了红灯并被拍到，请按照交警部门的通知要求及时处理违章，并从中吸取教训，未来更加谨慎地驾驶。同时，了解并熟悉当地的交通法规和电瓶车管理政策也是非常重要的。