在探讨设立时出资瑕疵的认定问题时，我们首先要明确的是，出资瑕疵是指股东在履行其出资义务过程中存在的各种不符合法律规定或公司章程约定的行为。针对您提出的设立时出资瑕疵如何认定的问题，我将从以下几个方面进行详细阐述：
一、出资瑕疵的主要表现形式
虚假出资：股东未实际缴纳出资，但通过虚假陈述或虚假资料使公司认为其已缴纳出资。例如，提交虚假的银行存款证明，或伪造出资财产的评估报告。
出资财产不符合规定：股东以不符合规定的财产或服务作为出资，且未按规定程序评估或评估价值过高。如以无实际价值的知识产权或过时的设备作为出资，导致公司资产虚增。
出资期限违约：股东未在约定期限内完成出资。根据新《公司法》，有限责任公司的注册资本需在公司成立之日起五年内缴足，但部分股东未按期履行其出资义务。
出资后撤回或转移：股东在出资后，通过不正当手段将出资撤回或转移。例如，通过虚假交易、关联交易等方式，将出资资金转移出公司账户。
二、出资瑕疵的认定标准
在认定出资瑕疵时，我们主要依据以下标准：
法律规定：首先，要参照新《公司法》及相关法律法规中关于股东出资义务的规定，判断股东的出资行为是否符合法律要求。
公司章程约定：其次，要查看公司章程中关于股东出资的具体约定，包括出资方式、出资期限、出资额等，判断股东的出资行为是否符合公司章程的规定。
实际情况核查：最后，还需要结合实际情况进行核查，如查看股东的出资证明、银行转账记录、资产评估报告等，以确认股东的出资行为是否真实、合法。
三、出资瑕疵的法律后果
一旦认定股东存在出资瑕疵行为，将面临以下法律后果：
补足差额并承担赔偿责任：瑕疵出资的股东应补足差额，并对给公司造成的损失承担赔偿责任。
董事催缴责任：董事会应当对股东的出资情况进行核查，发现股东未按期足额缴纳出资的，应当由公司向该股东发出书面催缴书，催缴出资。未及时履行催缴义务给公司造成损失的，负有责任的董事应当承担赔偿责任。
发起人连带责任：有限责任公司设立时，股东未按照公司章程规定实际缴纳出资，或者实际出资的非货币财产的实际价额显著低于所认缴的出资额的，设立时的其他股东与该股东在出资不足的范围内承担连带责任。
四、特殊情况下的认定
在特殊情况下，如公司存在出资期限、注册资本明显异常的情形，也可能被认定为出资瑕疵。这通常涉及认缴出资期限过长、注册资本过高或其他明显不符合客观常识的情形。登记机关会结合公司的经营范围、经营状况以及股东的出资能力、主营项目、资产规模等进行综合研判，必要时组织行业专业机构进行评估或者与相关部门协商，以认定公司出资期限、注册资本是否明显异常。
综上所述，设立时出资瑕疵的认定需要综合考虑法律规定、公司章程约定以及实际情况核查等多个方面。一旦认定存在出资瑕疵行为，股东将面临补足差额、承担赔偿责任等法律后果。因此，建议股东在履行出资义务时务必严格遵守法律法规和公司章程的规定，确保出资行为的真实、合法和有效。