工业土地转让后，原先甲方与村镇签订的协议是否一并转让，需根据协议性质、转让条款及法律规定综合判断，并非自动转移。具体分析如下：
- 协议性质决定是否随土地转让
若原协议为土地使用权出让合同（即村镇作为出让方，甲方作为受让方签订的合同），根据《民法典》第353条，土地使用权转让时，该合同上的权利义务通常随土地一并转移，但需满足以下条件：
- 转让方已按合同约定支付全部出让金并取得土地使用权证书；
- 受让方符合土地使用权受让条件（如产业类型、投资强度等）；
- 转让行为经村镇或土地管理部门同意（部分地区要求重新签订出让合同）。
例外情形：若原协议明确约定“合同权利义务不随土地转让”，或协议中存在仅针对原甲方的特殊条款（如税收优惠、补贴等），则可能不转移。
协议为其他类型时的处理规则
- 租赁/承包协议：若原协议是甲方租赁村镇土地或承包村镇集体资产，根据《民法典》第716条，租赁物转让不影响租赁合同效力，但需通知村镇并办理变更登记；若未通知，村镇可主张原协议对受让方无效。
- 合作开发协议：若协议涉及甲方与村镇共同开发土地（如共建厂房、共享收益），转让需经村镇书面同意，否则可能构成违约，村镇可要求解除协议或赔偿损失。
- 附条件协议：若原协议约定“土地转让需村镇同意”或“转让后协议终止”，则需按约定执行，否则可能引发纠纷。
实务建议
- 审查原协议条款：重点查看“转让限制”“权利义务转移”“违约责任”等条款，明确协议是否允许转让及需履行的程序。
- 办理变更登记：若协议需随土地转让，应及时与村镇签订补充协议，并到土地管理部门办理权利义务变更登记，避免后续争议。
- 协商一致原则：即使法律允许协议转移，也建议与村镇协商确认，避免因未通知或未同意导致协议效力瑕疵。
总结：工业土地转让后，原协议是否转移需结合协议类型、条款约定及法律规定综合判断。建议转让前委托律师审查协议、评估风险，并协助办理相关手续，确保转让合法有效。如有具体协议文本或转让细节，可进一步向我咨询。