当您遇到被挂靠公司克扣工程款的问题时，可以采取以下步骤来维护自己的权益：

一、明确法律关系与责任

首先，您需要明确自己与挂靠公司之间的法律关系。挂靠公司通常指依附于一个具有独立法人资格的单位，利用该单位的名义或资质从事生产经营活动，并向该单位缴纳一定费用的行为。在这种情况下，您作为实际施工人，有权在工程竣工验收合格后向发包人（即挂靠公司所代表的名义上的承包人）主张工程款。

二、尝试协商解决

在采取法律手段之前，建议您先尝试与挂靠公司进行协商，看是否能够通过友好沟通解决工程款克扣的问题。您可以提出自己的合理诉求，并附上相关证据和计算依据，以支持自己的主张。

三、准备法律证据

如果协商无果，您需要开始准备法律证据，以便后续采取法律手段。这些证据包括但不限于：

1. 挂靠合同或协议：证明您与挂靠公司之间的合作关系。
2. 工程竣工验收报告：证明您已经完成了工程施工，并且工程已经通过了验收。
3. 工程款结算单或发票：证明挂靠公司应支付给您的工程款金额。
4. 其他相关证据：如通话记录、邮件往来等，证明您已经多次向挂靠公司催讨工程款。

四、向法院提起诉讼

在准备好充分的证据后，您可以向法院提起诉讼，要求挂靠公司支付克扣的工程款。在诉讼过程中，您需要提交起诉状、证据清单以及相关证据材料。法院将依法审理案件，并作出判决。

如果法院判决挂靠公司支付工程款，但对方拒绝履行，您可以向人民法院申请执行。法院将依法查询挂靠公司名下的房产、车辆、证券和存款等财产，并采取相应措施进行强制执行。

五、考虑其他法律手段

除了向法院提起诉讼外，您还可以考虑其他法律手段来维护自己的权益。例如，如果挂靠公司的行为构成侵占罪，您可以向公安机关报案，要求追究其刑事责任。同时，您也可以寻求媒体的帮助，通过舆论压力来促使挂靠公司履行支付义务。

六、预防与规避风险

为了避免类似问题的再次发生，建议您在今后与挂靠公司合作时采取以下措施来预防与规避风险：

1. 签订书面合同：明确双方的权利义务和违约责任，为后续维权提供法律依据。
2. 加强资质审查：在选择挂靠公司时，要对其资质进行严格审查，确保其具备相应的施工能力和信誉。
3. 监督工程进度与款项支付：在施工过程中，要加强对工程进度和款项支付的监督，确保挂靠公司按时足额支付工程款。

综上所述，当您遇到被挂靠公司克扣工程款的问题时，应先尝试协商解决；协商无果后，准备好充分的法律证据向法院提起诉讼；在诉讼过程中积极维护自己的权益；同时考虑其他法律手段来维护自己的权益；并在今后与挂靠公司合作时采取预防措施来规避风险。