三方协议的纸质版和网签一般只需选择一种形式即可，但具体需根据实际情况和协议要求判断。以下是详细分析：

1. 法律效力层面
   根据《民法典》第四百六十九条，书面形式包括合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式，以及电子数据交换、电子邮件等可以随时调取查用的数据电文。因此，符合法律规定的网签协议与纸质协议具有同等法律效力，选择其中一种形式签署即可满足法律要求。

2. 协议约定与实际需求层面

   • 若三方协议中明确约定“需同时签署纸质版和网签版”，则需按约定履行，否则可能因违反协议条款导致纠纷。
     
   • 若协议未明确要求，但涉及特殊场景（如政府备案、跨境交易等），可能需根据相关部门要求选择特定形式。例如，部分地区的不动产交易需同时提交纸质合同和网签备案证明。
     
   • 从便利性角度，网签协议具有签署效率高、存储便捷等优势；纸质协议则更适用于需要原件存档、签字盖章仪式感较强的场景。

3. 风险防范建议

   • 签署前仔细阅读协议条款，确认是否对签署形式有特殊要求。
     
   • 若选择网签，建议通过可信的第三方电子合同平台签署，并保留签署记录、时间戳等证据，以证明协议的真实性和完整性。
     
   • 若选择纸质协议，需确保各方签字盖章齐全，并妥善保管原件，避免丢失或损毁。

总结：在协议无特殊约定且符合法律规定的前提下，纸质版和网签只需选择一种形式。但为避免纠纷，建议根据协议内容、实际需求及风险承受能力综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询。