结论：在电瓶车闯红灯负主要责任撞电瓶车的情境下，汽车保险公司是否赔偿取决于多种因素，包括事故责任划分、保险条款以及是否存在免赔情形等。以下是对此问题的详细分析：

1. 事故责任划分：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，交通事故的责任划分主要依据事故当事人的行为对事故发生的作用以及过错的严重程度。若电瓶车闯红灯是导致事故发生的主要原因，那么电瓶车驾驶员通常会被认定为主要责任方。
   • 然而，即使电瓶车负主要责任，汽车驾驶员也可能因未尽到安全驾驶义务（如未及时避让、超速等）而承担部分责任。这种责任划分将直接影响保险公司的赔偿比例。

2. 保险条款：

   • 汽车保险通常包括交强险和商业险。交强险是法定保险，主要赔偿因交通事故造成的人身伤亡和财产损失，且赔偿限额内不分责任大小。
   • 商业险则根据投保人选择的险种和保额进行赔偿，如车损险、第三者责任险等。在商业险中，保险公司通常会根据事故责任划分来确定赔偿比例。
   • 若汽车驾驶员无责：在交强险范围内，保险公司仍需承担一定的赔偿责任（如无责死亡伤残赔偿限额为18000元，无责医疗费用赔偿限额为1800元，无责财产损失赔偿限额为100元）。对于超出交强险限额的部分，若汽车驾驶员无责，则通常由电瓶车驾驶员自行承担。
   • 若汽车驾驶员有责：在交强险范围内，保险公司将按照有责限额进行赔偿。对于超出交强险限额的部分，若汽车驾驶员投保了商业险，则保险公司将根据商业险条款和事故责任划分来确定赔偿比例。

3. 免赔情形：

   • 保险公司可能会根据保险条款中的免赔条款来拒绝或减少赔偿。例如，若汽车驾驶员存在酒驾、无证驾驶等违法行为，保险公司可能会拒绝赔偿。
   • 此外，若电瓶车驾驶员存在故意制造事故等恶意行为，保险公司也可能拒绝赔偿或向电瓶车驾驶员追偿。

4. 实际操作建议：

   • 在发生交通事故后，应立即报警并保护现场，等待交警到来进行责任划分。
   • 同时，及时通知保险公司并保留好相关证据（如现场照片、视频、交警出具的事故责任认定书等）。
   • 在与保险公司协商赔偿时，应仔细阅读保险条款并了解自己的权益和义务。
   • 若对保险公司的赔偿决定有异议，可以通过法律途径来维护自己的合法权益。

总结与进一步思考：电瓶车闯红灯负主要责任撞电瓶车的情境下，汽车保险公司的赔偿问题并非简单的是非题。它涉及到事故责任划分、保险条款以及免赔情形等多个方面。因此，在处理此类事故时，建议车主们保持冷静并寻求专业法律帮助以确保自己的权益得到妥善维护。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。