同案犯有管辖权的案件，一般需根据具体情况确定处理方式，核心原则是确保案件审理的合法性与效率性，具体处理方式如下：

1. 共同管辖与优先管辖
   若多个法院对同案犯均有管辖权（如犯罪地、被告人居住地等），根据《刑事诉讼法》第26条，最初受理的法院优先管辖，必要时可由上级法院指定管辖。例如，A、B两名同案犯分别在甲地、乙地犯罪，甲地法院先立案，则由甲地法院审理；若两法院同时立案，需协商解决或由共同上级指定。

2. 分案处理与合并审理

   • 合并审理：若同案犯被同一法院管辖，且案件事实关联紧密（如共同犯罪），法院可合并审理以提高效率，避免裁判矛盾。
     
   • 分案处理：若同案犯分别被不同法院管辖（如因犯罪地不同），或部分同案犯未到案，法院可分案审理，但需注意证据衔接与裁判一致性。例如，主犯在甲地受审，从犯在乙地受审，两法院需协调量刑平衡。

3. 管辖权争议解决
   若法院间对管辖权有争议，应层报共同上级法院指定管辖（《刑事诉讼法》第27条）。例如，甲地与乙地法院均主张管辖权，需报请省级法院指定，避免案件拖延。

4. 特殊情形处理

   • 级别管辖：若同案犯涉及不同罪名（如部分犯罪应由中级法院管辖），通常由级别较高的法院管辖，或根据主罪确定管辖法院。
     
   • 地域管辖：若同案犯犯罪地分散，可由主要犯罪地法院管辖，或由被告人居住地法院管辖，以便利诉讼参与。

实务建议：

• 当事人或律师可向最初受理法院提出管辖权异议，但需在提交答辩状期间提出（《民事诉讼法》第130条，刑事诉讼中可参照适用）。
  
• 若发现管辖权错误（如应由其他法院审理），可申请法院移送案件，或通过上诉、申诉途径纠正。
  

提示：管辖权问题直接影响案件审理程序与结果，若涉及复杂情形（如跨省犯罪、职务犯罪等），建议提供具体案情进一步分析。