商标注册代理申请本身不违法，但若代理机构或代理人存在违法行为，则会受到相应处罚。具体分析如下：

1. 合法代理申请的情况
   根据《中华人民共和国商标法》及《商标法实施条例》，商标注册申请可以由申请人自行办理，也可以委托依法设立的商标代理机构办理。只要代理机构具备合法资质（如经市场监督管理部门登记、在商标局备案），且代理行为符合法律规定（如如实提交材料、不隐瞒重要信息等），则属于合法行为，不会受到处罚。

2. 违法代理申请的情形及处罚
   若代理机构或代理人存在以下行为，则构成违法，需承担法律责任：

   • 伪造、变造或使用伪造、变造的法律文件：如伪造申请人签名、虚构商标使用证据等。根据《商标法》第六十八条，由市场监督管理部门责令限期改正，给予警告，处1万元以上10万元以下的罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予警告，处5000元以上5万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
     
   • 以不正当手段扰乱商标代理市场秩序：如恶意抢注、囤积商标，或通过贿赂、欺骗等手段获取代理业务。处罚同上，情节严重的，商标局、商标评审委员会还可以决定停止受理其办理商标代理业务，并予以公告。
     
   • 泄露申请人商业秘密或个人信息：若代理机构未尽保密义务，导致申请人权益受损，需承担民事赔偿责任；情节严重的，还可能涉及刑事责任（如侵犯商业秘密罪）。
     
   • 未依法备案或超出经营范围代理：根据《商标代理监督管理规定》，代理机构需在商标局备案方可从事代理业务。若未备案或超出备案范围代理，由市场监督管理部门责令限期改正，给予警告，处1万元以上10万元以下的罚款。

3. 对申请人的风险提示
   若申请人委托的代理机构违法，可能导致商标申请被驳回、权利丧失，甚至因代理机构的违法行为牵连自身（如被认定为共同侵权人）。因此，选择代理机构时需核查其资质（可通过商标局官网查询备案信息），并签订书面合同明确权利义务。

总结建议：商标注册代理申请本身合法，但需选择正规机构。若发现代理机构存在违法行为，可向当地市场监督管理部门或商标局举报，并保留证据以维护自身权益。如有具体案件或细节需进一步分析，可直接向我咨询。