在机动车闯红灯撞了电动车的情况下，保险公司的赔偿方式是一个涉及多个因素的综合考量过程。以下是对此问题的详细解答：
一、事故责任认定
首先，需要明确的是，事故责任的认定是保险公司赔偿的基础。这通常由交警部门根据现场勘查、监控视频、证人证言等证据来出具交通事故认定书，明确各方责任。如果机动车闯红灯是导致事故的主要原因，那么机动车驾驶人通常将承担主要或全部责任。但值得注意的是，即使电动车骑行者有过错，根据《道路交通安全法》的相关规定，机动车一方在无过错的情况下也可能需承担一定比例的赔偿责任。
二、交强险的赔偿责任
法律依据与赔偿限额：
- 根据《机动车交通事故责任强制保险条例》及《道路交通安全法》的规定，被保险机动车（包括被认定为机动车的电动车）发生交通事故造成除本车人员和被保险人以外的人员伤亡或财产损失时，保险公司应在交强险责任限额范围内予以赔偿。
- 在有责情况下，交强险对死亡伤残赔偿限额为18万元，医疗费用赔偿限额为1.8万元，财产损失赔偿限额为2000元。
- 在无责情况下，也有相应的赔偿限额，但数额较低，如医疗费用1800元、伤残赔偿18000元和财产损失100元。
赔偿范围：
- 交强险主要赔偿因事故造成的人身伤亡和财产损失，包括医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入等。
三、商业险的赔偿与免责
赔偿情况：
- 如果机动车投保了商业三者险，且事故责任在机动车一方，那么超出交强险赔偿限额的部分，保险公司将根据商业险合同约定的责任比例进行进一步赔偿。
- 赔偿金额将考虑事故责任比例、商业险合同中的绝对免赔额、特定免责情形等因素。
免责情况：
- 商业险合同中通常会明确列出免责事由，如驾驶人未取得驾驶资格、醉酒驾驶、机动车被盗抢期间肇事或被保险人故意制造事故等。
- 如果电动车骑行者闯红灯导致事故，且商业险合同中明确将此行为列为免责事由，那么保险公司可能拒绝赔偿或增加免赔率。
四、赔偿流程与注意事项
报警并保护现场：
- 事故发生后，应立即报警并保护现场，以便交警进行责任认定。
收集证据：
- 积极收集相关证据，如监控视频、现场照片、证人证言等，以备后续理赔使用。
提交理赔申请：
- 根据责任认定情况，向保险公司提交理赔申请，并提供必要的证明材料，如交通事故认定书、医疗费用发票、维修费用发票等。
赔偿协商与支付：
- 保险公司核实事故情况后，将与申请人进行赔偿协商。协商一致后，保险公司将按照约定的赔偿金额和方式支付赔偿款。
遵守交通规则与了解保险条款：
- 电动车骑行者应严格遵守交通规则，避免闯红灯等违法行为，以减少交通事故的发生。
- 机动车驾驶人应了解所购保险的条款内容，特别是免责事由和赔偿限额等关键信息。
五、特殊情况说明
- 如果电动车未被认定为机动车，且未投保传统机动车商业险，但可能有针对非机动车的意外险等。若符合这些保险的理赔范围，保险公司会赔偿；否则，不会赔偿。
- 闯红灯是违法行为，会受到相应处罚，但这不影响保险公司在交强险责任限额内的赔偿责任。然而，在商业险中，闯红灯可能导致保险公司增加免赔率或拒赔，具体取决于保险合同条款。
综上所述，机动车闯红灯撞了电动车后，保险公司的赔偿方式将综合考虑事故责任认定、交强险与商业险的投保情况以及具体的保险条款。为了保障自身权益，建议各方在事故发生后及时报警、收集证据，并了解所购保险的条款内容。