主债务超过诉讼时效后，抵押担保权原则上不会自动涤除，但抵押人可通过特定方式主张权利以实现涤除效果，具体分析如下：

1. 诉讼时效届满的法律后果
   根据《民法典》第188条，主债务诉讼时效届满后，债权人丧失胜诉权，但债权本身并不消灭。此时抵押权作为从权利，其存续依赖于主债权的有效性。若主债权未被债务人明确放弃或履行，抵押权仍可能存在，但抵押人可主张时效抗辩权。

2. 抵押人涤除抵押权的途径

   • 协商解除抵押登记：抵押人与债权人可协商一致，通过签订书面协议并办理抵押权注销登记，直接涤除抵押权。
     
   • 抗辩权行使：在债权人主张抵押权时，抵押人可提出主债务诉讼时效届满的抗辩，要求法院驳回债权人请求。若法院采纳抗辩，抵押权将因丧失执行依据而实质失效。
     
   • 反诉或另行起诉：抵押人可主动提起诉讼，请求确认抵押权消灭并要求注销登记，需提供主债务时效届满的证据（如催告记录、债务人明确拒绝履行的证明等）。

3. 实务操作中的关键点

   • 时效中断与重新计算：需核查主债务诉讼时效是否因债权人催告、债务人承诺履行等行为中断而重新计算，避免误判时效状态。
     
   • 抵押权登记的公示效力：即使主债务时效届满，抵押权登记未注销前仍具有公示效力，可能影响抵押物处分（如交易、再抵押）。建议抵押人及时通过法律程序确认权利状态。
     
   • 债权人放弃债权的情形：若债权人以书面形式明确放弃债权或抵押权，抵押人可依据《民法典》第410条要求注销登记，无需依赖时效抗辩。

建议：若您作为抵押人面临此类问题，需首先梳理主债务时效届满的证据链，评估债权人主张权利的可能性，再选择协商、抗辩或诉讼路径。具体操作中可进一步向我提供债务合同、时效中断证据等材料，以便制定更精准的方案。