在工程事故中，如果死者存在违规操作的情况，处罚的严重程度和方式会依据事故的具体性质、责任认定以及是否违反了安全生产法规等多个因素来综合考量。以下是对此问题的详细分析：
一、事故性质与责任认定
事故性质：
- 若事故被明确认定为生产安全事故，并且是由于违规操作、安全措施不到位等人为因素导致的，那么相关责任人将面临更为严厉的处罚。
- 如果事故是由于不可抗力或意外事件（如自然灾害、设备突发故障等）导致的，且企业已尽到合理注意义务，采取了必要的安全措施，那么处罚可能会相对较轻。
责任认定：
- 根据《中华人民共和国安全生产法》等相关法律法规，施工单位作为安全生产的责任主体，如果未履行安全生产管理职责，导致发生生产安全事故，将承担主要责任。
- 具体责任人员，如项目经理、安全管理人员、直接操作人员等，如果未尽到各自的安全管理或操作职责，也可能面临相应的处罚。
二、可能的处罚措施
对施工单位的处罚：
- 罚款：根据事故的严重程度和造成的后果，施工单位可能面临高额罚款。罚款数额通常由应急管理部门根据相关法律法规和事故具体情况确定，可能从数十万元至数百万元不等。
- 停业整顿：在严重情况下，施工单位可能被责令停业整顿，直至满足安全生产条件并经相关部门验收合格后方可恢复施工。
- 吊销资质证书：对于多次发生安全事故或存在严重违法违规行为的施工单位，其相关资质证书可能被吊销，即取消其从事建筑施工活动的资格。
对相关责任人的处罚：
- 刑事责任：若事故构成重大责任事故罪或其他相关犯罪，施工单位的主要负责人、项目负责人、安全管理人员等直接责任人员可能面临有期徒刑、拘役等刑事处罚。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，刑罚幅度可能从三年以下有期徒刑或者拘役到三年以上七年以下有期徒刑不等，具体取决于事故的严重程度和情节恶劣程度。
- 行政处罚：除了刑事责任外，相关责任人还可能受到行政处罚，如撤职、开除公职等。同时，他们还可能被禁止在一定期限内担任任何生产经营单位的主要负责人。
- 经济赔偿：责任人员可能需要承担一定的经济赔偿责任，以弥补事故造成的损失，包括死者家属的丧葬费、抚恤金等。
对其他相关方的处罚：
- 若监理单位在监理过程中存在失职行为，导致事故发生，也可能面临相应的法律责任和处罚。
- 其他与事故有关的单位和个人，如设计单位、材料供应商等，若存在违法违规行为，同样可能受到法律的制裁。
三、其他影响
- 企业信誉受损：发生安全事故会对施工单位的声誉造成严重影响，可能导致其在未来的招投标活动中处于不利地位。
- 经济损失：除了罚款和赔偿费用外，施工单位还可能因停业整顿、资质吊销等原因遭受巨大的经济损失。
四、特别说明
在工程事故中，即使死者存在违规操作的情况，也不能完全免除施工单位和其他相关方的责任。因为施工单位有义务提供安全的工作环境、必要的安全防护措施和有效的安全管理。如果施工单位未能履行这些义务，即使死者存在违规操作，施工单位仍需承担相应的法律责任。
综上所述，工程事故中死者违规操作时的处罚措施是多方面的，包括对企业单位的罚款、停业整顿、吊销资质等，以及对个人的刑事责任、行政处罚和经济赔偿等。同时，事故还会对企业信誉和经济造成严重影响。因此，施工单位应严格遵守安全生产法规，加强安全管理，确保工程安全进行。