结论：信用卡被自动扣款超过最低还款额后，通常不会存在逾期，但具体还需根据扣款时间、金额以及银行规定来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、最低还款额的定义与性质
最低还款额是银行为持卡人提供的一种灵活还款方式，旨在帮助那些暂时无法全额偿还账单金额的持卡人避免逾期。只要持卡人在到期还款日前或当天偿还了银行规定的最低还款金额，就不会被视为逾期。此时，银行会正常将本期还款行为上报征信系统，显示为按时还款。
二、自动扣款超过最低还款额的情况
扣款时间：
- 如果自动扣款发生在到期还款日之前或当天，且扣款金额超过了银行规定的最低还款额，那么这种情况不会构成逾期。因为持卡人已经履行了当期的最低还款义务。
扣款金额：
- 即便自动扣款金额超过了最低还款额，但只要这个金额是持卡人应还账单的一部分，且没有低于银行规定的最低还款标准（例如，账单金额的10%），那么也不会产生逾期。
- 需要注意的是，如果自动扣款金额虽然超过了最低还款额，但持卡人原本应还的账单金额远高于此，且持卡人未对剩余部分进行还款，虽然这不构成逾期，但会产生利息，并可能影响信用评估（长期只还最低额的情况下）。
三、可能构成逾期的特殊情况
扣款失败或不足：
- 如果自动扣款失败，或者扣款金额低于银行规定的最低还款额，那么即使持卡人后续进行了补扣或手动还款，但如果在到期还款日后才完成，仍可能构成逾期。
银行规定差异：
- 不同银行对于最低还款额的计算方式和规定可能存在差异。因此，持卡人应仔细阅读银行提供的账单和还款说明，确保了解并遵守相关规定。
四、法律建议与措施
及时关注账单与还款：
- 持卡人应定期查看信用卡账单，了解应还金额和最低还款额，并确保在到期还款日前或当天完成还款。
设置自动还款提醒：
- 为了避免因忘记还款而导致的逾期，持卡人可以设置自动还款提醒或开通自动还款功能，确保资金及时到账。
与银行沟通：
- 如果持卡人确实无法全额还款，应及时与银行沟通并制定合理的还款计划。通过积极与银行协商，可以寻求更灵活的还款方案，以减轻经济负担并维护良好的信用记录。
了解银行规定：
- 不同银行对于信用卡还款的规定可能存在差异。因此，持卡人在使用信用卡时，应仔细阅读银行提供的相关说明和条款，确保了解并遵守相关规定。
作为专业律师，我建议持卡人在使用信用卡时，应谨慎选择还款方式，并确保按时足额还款以维护良好的信用状况。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。