若车辆因免费停车被淹，法院会根据不同情况来处理，核心在于判断淹水原因及停车场管理方的责任，具体如下：

1. 若淹水是由于自然灾害等不可抗力因素导致：

   • 通常情况下，停车场管理方若已尽到合理的安全保障义务，比如提前发布了灾害预警、采取了必要的防范措施（如准备沙袋、疏通排水等），那么管理方一般不承担赔偿责任。因为不可抗力是不能预见、不能避免且不能克服的客观情况，管理方无法对此进行控制。
   • 例如，在暴雨来临前，停车场管理方已经在停车场入口设置了明显的警示标志，提醒车主将车辆移至安全地带，并且安排了工作人员进行巡查和引导，但由于暴雨过于猛烈，导致停车场内积水严重，车辆被淹，此时管理方很可能无需承担赔偿责任。

2. 若淹水是由于停车场管理方的过错导致：

   • 管理不善：如果停车场管理方没有尽到合理的安全保障义务，导致车辆被淹，那么管理方需要承担相应的赔偿责任。比如，停车场的排水系统存在故障，长期未进行维修和清理，导致在正常降雨情况下就出现积水，进而使车辆被淹，这种情况下管理方就存在过错。
   • 未履行告知义务：管理方在知道或应当知道停车场存在被淹风险的情况下，没有及时通知车主将车辆移走，也需要承担一定的责任。例如，停车场附近的水管破裂，管理方已经知晓但未通知车主，导致车辆被淹，管理方应承担相应责任。
   • 在这种情况下，车主需要提供证据证明管理方存在过错以及自己的损失情况，如车辆维修发票、照片、视频等。法院会根据双方的过错程度，确定管理方的赔偿比例。

3. 若淹水是由于第三人的原因导致：

   • 比如，停车场附近的施工单位在施工过程中，不慎挖破了水管，导致停车场被淹，车辆受损。此时，车主可以向施工单位主张赔偿。如果停车场管理方在管理过程中没有过错，一般不承担赔偿责任，但管理方有义务协助车主向第三人追偿。
   • 如果管理方在管理过程中存在一定过错，比如没有及时发现施工风险并采取防范措施，那么管理方也可能需要承担相应的补充责任。

建议：如果车辆在免费停车时被淹，车主应第一时间保护好现场，拍摄照片、视频等证据，及时通知停车场管理方和保险公司。同时，与管理方协商解决赔偿问题，如果协商不成，可以通过法律途径维护自己的合法权益。在诉讼过程中，要提供充分的证据证明自己的损失和管理方的过错情况。