借款合同无效时，办理的抵押登记通常也是无效的，但具体需结合抵押登记的实际情况和法律规定来分析。以下从法律原理、具体法律规定及实践影响三个层面展开分析：
法律原理层面
意思表示真实是民事法律行为有效的核心要件
根据《民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效需满足行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律强制性规定及公序良俗。若借款合同无效，往往意味着合同订立过程中存在意思表示不真实、违法或违背公序良俗的情形。在此情况下，基于该无效借款合同办理的抵押登记，因缺乏真实的意思表示基础，通常也会被认定为无效。例如，若借款人通过伪造文件或虚构事实骗取贷款，并以此办理抵押登记，该抵押登记即因意思表示不真实而无效。
抵押登记的从属性
抵押登记作为借款合同的担保措施，具有从属性。即抵押登记的存在和效力依赖于借款合同的有效存在。当借款合同无效时，抵押登记作为从合同或从权利，其效力也会受到影响，通常会被认定为无效。
具体法律规定层面
《民法典》对无效民事法律行为的规定
根据《民法典》第一百五十五条，无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。这意味着，若借款合同被认定为无效，那么基于该合同办理的抵押登记也将自始无效，无法产生法律上的约束力。
抵押权设立与合同效力的区分
虽然《民法典》第二百一十五条规定，未办理物权登记的不影响合同效力，但这主要适用于合同有效但未办理登记的情形。在借款合同无效的情况下，即使办理了抵押登记，该登记也无法独立于无效合同而存在。因为抵押权的设立需要以有效的借款合同为前提，合同无效则抵押权设立的基础不复存在。
实践影响层面
司法裁判规则
在司法实践中，法院通常会根据借款合同的效力来判断抵押登记的效力。若借款合同被认定为无效，法院往往会一并判决抵押登记无效，并要求当事人返还因抵押登记而取得的财产或进行折价补偿。
无效后果的处理
根据《民法典》第一百五十七条，民事法律行为无效后，行为人因该行为取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。因此，在借款合同无效导致抵押登记无效的情况下，当事人需要根据各自的过错程度承担相应的法律责任。
举例说明：
假设甲向乙借款，并签订了一份借款合同。同时，甲以自己的一处房产作为抵押，并办理了抵押登记。后来，法院认定该借款合同因甲存在欺诈行为而无效。在此情况下，基于该无效借款合同办理的抵押登记也将被认定为无效。乙无法依据该抵押登记主张对甲房产的优先受偿权，而甲则需要根据过错程度承担返还借款、赔偿损失等法律责任。
总结与建议：
在签订借款合同时，务必确保合同内容真实、合法、有效，避免存在意思表示不真实、违法或违背公序良俗的情形。
在办理抵押登记时，应仔细审查借款合同的效力，确保抵押登记的基础坚实可靠。
若借款合同被认定为无效，应及时采取措施，如与抵押人协商返还财产、赔偿损失等，以减少损失并维护自身合法权益。
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