商标注册被驳回后，所交纳的规费通常是不予退还的，但代理机构的代理费能否退还则取决于双方合同的约定。以下是对这一问题的详细分析：

一、商标局收取的规费

1. 规费性质：商标局在受理商标注册申请时收取的规费，属于行政服务费用，用于覆盖商标审查流程中的人力、技术资源等成本。
2. 不退还原则：根据《商标法》及其实施条例的规定，无论商标注册申请最终是否成功（包括因驳回、主动撤回或放弃等情况），商标局收取的规费均不退还。这是因为商标局已经对每件申请进行了独立的实质审查，即使驳回也已完成审查工作，且全球多数国家采用类似规则，以避免申请人通过反复提交试探性申请占用公共资源。
3. 例外情况：若因商标局系统错误导致重复缴费，申请人可凭缴费凭证申请退费。

二、商标代理机构的代理费

1. 合同约定：如果申请人通过商标代理机构办理商标注册，代理费的退还情况则取决于申请人与代理机构之间签订的委托合同。如果合同中明确规定了申请被驳回时代理机构会退还部分或全部代理费，那么代理机构应按约执行退款。
2. 无约定情况：如果合同中没有此类约定，由于代理机构已经为商标申请做了前期的准备、提交等相关工作，他们通常不会退还代理费。

三、商标注册被驳回后的应对措施

1. 申请复审：如果申请人对商标局的驳回决定不服，可以在规定期限内向商标评审委员会（现为国家知识产权局）提出复审请求。这是法律赋予申请人的一种救济途径，通过复审，申请人有机会使原本被驳回的商标获得注册。
2. 修改商标并重新申请：申请人还可以根据商标局给出的驳回理由，对商标进行修改或调整，然后重新提交注册申请。这需要申请人仔细分析驳回理由，并针对性地修改商标，以使其符合注册要求。

四、建议与注意事项

1. 仔细阅读合同：在委托商标代理机构办理商标注册时，申请人应仔细阅读合同条款，特别是关于费用退还的部分，以确保自己的权益得到保障。
2. 充分准备复审材料：如果决定申请复审，申请人应充分准备复审材料，包括复审申请书、原商标注册申请书复印件、驳回通知书原件及邮寄凭证等，并根据驳回理由收集相关证据材料。
3. 考虑专业代理：由于商标注册和复审过程涉及复杂的法律问题和专业知识，申请人可以考虑委托经验丰富的商标代理机构或律师进行代理，以提高申请和复审的成功率。

总结来说，商标注册被驳回后，商标局收取的规费通常是不退的，但申请人仍有多种途径来争取商标的注册，包括申请复审和修改商标后重新申请等。在处理这类问题时，建议申请人充分了解相关法律法规和商标局的规定，并仔细阅读与代理机构签订的合同条款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。