结论：员工起诉公司后，一般情况下不会在个人就业时留下影响就业的“案底”，但特定情况下可能存在间接影响。

1. 民事诉讼不会留下“案底”
   员工起诉公司通常属于民事纠纷范畴（如劳动争议、合同纠纷等），民事诉讼的判决结果不会记录在个人征信系统或犯罪记录中，因此不会直接形成影响就业的“案底”。用人单位在招聘时，通常无法通过公开渠道查询到此类诉讼记录，除非员工主动披露或涉及特殊行业背景调查。

2. 特殊情况下的间接影响

   • 行业背景调查：部分行业（如金融、法律、教育等）在招聘时可能要求候选人提供无犯罪记录证明或进行深度背景调查。若诉讼涉及严重失信行为（如恶意欺诈、职务侵占等），可能被记录在行业黑名单或信用系统中，间接影响就业机会。
     
   • 诉讼内容与岗位关联性：若诉讼涉及员工职业道德问题（如泄露商业秘密、违反竞业限制等），新雇主可能通过背景调查或面试询问了解情况，从而对录用决策产生影响。
     
   • 公开裁判文书的影响：根据《最高人民法院关于人民法院在互联网公布裁判文书的规定》，部分民事裁判文书会在“中国裁判文书网”公开。若新雇主通过该渠道查询到诉讼记录，可能对员工产生负面评价，但这种情况并非普遍现象。

3. 应对建议

   • 主动沟通：若诉讼涉及敏感问题（如职业道德争议），建议在面试时主动说明情况，避免新雇主通过其他渠道获取信息后产生误解。
     
   • 申请文书不公开：根据《规定》，涉及个人隐私、商业秘密等情形的裁判文书可以申请不公开。若诉讼可能影响未来就业，可在诉讼过程中向法院提出申请。
     
   • 保留证据：若诉讼结果对员工有利（如公司违法解除劳动合同需支付赔偿金），可保留相关证据，在面试时作为自身权益维护能力的证明。
     

总结：民事诉讼本身不会留下影响就业的“案底”，但需关注诉讼内容、行业特性及裁判文书公开情况对就业的间接影响。如有具体案件或担忧，可进一步向我咨询，我会结合案件细节提供针对性建议。