结论：红灯倒计时结束后，如果信号灯仍然是红灯，车辆通过路口将被视为闯红灯，这是一种严重的交通违法行为。下面我将从多个角度为您详细分析：

法律认定规则

1. 基本法规：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例的规定，机动车应当按照交通信号通行，遇到红灯应当停车等待，直到绿灯亮起或其他可以通行的信号出现再行驶。红灯亮时，明确禁止车辆通行。

2. 闯红灯的判定标准：

   • 闯红灯的判定通常基于电子眼拍摄的三张照片：车辆驶过停止线、车辆到达路中间、以及车辆到达对面路口。当这三张照片齐备时，才会被认定为闯红灯。因此，在红灯倒计时结束但信号灯依旧显示为红灯时通过停止线，并继续行驶通过路口，将满足闯红灯的认定标准。

特殊情况处理

1. 设备故障：

   • 若因交通信号灯故障（如倒计时与实际信号灯显示不符）导致误闯红灯，车主有权向交警部门提出申诉。申诉时需提供行车记录仪视频、现场照片等证据，证明信号灯存在故障。经交警核实后，一般不会按闯红灯进行处罚。

2. 交警指挥：

   • 在现场有交警指挥交通的情况下，若交警的指挥与信号灯不一致，驾驶人应遵循交警的指挥通行。即使红灯倒计时结束后仍是红灯，但在交警指挥下通过路口，不被视为闯红灯。

法律后果与建议

1. 法律后果：

   • 闯红灯是严重的交通违法行为，不仅可能面临罚款和扣分的处罚，更重要的是会严重威胁道路交通安全，增加交通事故的风险。

2. 建议：

   • 驾驶人在驾驶机动车时，必须严格遵守交通规则，按照交通信号的指示行驶，确保行车安全。如果不小心闯了红灯，应尽快与交警部门联系，接受相应的处罚，并采取措施加以改正，以避免类似情况再次发生。
   • 同时，建议驾驶人加强交通安全意识教育，提高法律意识和安全意识，共同维护道路交通秩序和安全。在遇到交通信号灯故障或交警指挥等特殊情况时，保持冷静，合理应对，确保自身和他人的安全。

如果您在驾驶过程中遇到任何交通法律问题，或者对交通法规有任何疑问，都可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律意见和帮助。