结论：车子借给别人开，别人闯了红灯，扣分的是实际驾驶人（即借车人）的驾驶证分数。以下是详细解释和处理流程：
一、扣分原则与法律依据
扣分原则：根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，交通违法行为是由实际驾驶车辆的人实施的，因此应由实际驾驶人承担法律责任。闯红灯是一种严重的交通违法行为，根据法律规定，应处以罚款并记分，且记分是针对驾驶人的，而不是针对车辆的。
法律依据：
- 《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。对于闯红灯这一具体违法行为，通常处以200元罚款，并依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》记6分。
二、处理流程
非当场处罚：
- 如果闯红灯行为是通过电子眼等监控设备捕捉到的，需要实际驾驶人持其驾驶证到交警大队提交资料，接受罚款和记分处理。此时，谁拿驾照去处理就扣谁的分。
当场处罚：
- 如果闯红灯行为被交警当场抓住，交警会查验实际驾驶人的驾驶证，并直接对其进行扣分和罚款。
三、特殊情况与车主责任
特殊情况：
- 如果实际驾驶人无法确定（如车辆被盗抢期间发生的交通违法行为），车主可能需要先配合调查并提供相关证据。但在正常情况下，这并不改变实际驾驶人应承担的交通违法责任。
车主责任：
- 车主在借出车辆时，应确保借车人有合法的驾驶资格，且车辆处于良好状态。如果车主明知对方无驾驶资格而出借，或车辆存在安全隐患而未告知，导致交通事故的发生，车主也需要承担相应的赔偿责任。不过，这并不影响对实际驾驶人的扣分和罚款处理。
四、建议与注意事项
借车前审查：
- 车主在借出车辆前，应仔细审查借车人的驾驶资格和车辆状态，确保借车人具备合法驾驶资格且车辆无安全隐患。
及时处理违法：
- 实际驾驶人应在收到交通违法通知后，及时持驾驶证到交警大队接受处理，以免产生滞纳金或其他不良后果。
保留证据：
- 如果车主对交通违法行为的发生没有过错（如车辆被他人未经允许擅自使用），应保留相关证据以证明自己的清白，避免不必要的法律纠纷。
总结：车子借给别人开，别人闯了红灯，扣分的是实际驾驶人的驾驶证分数。车主在借出车辆时应尽到合理的注意义务，确保借车人具备合法的驾驶资格和车辆状态良好。如果实际驾驶人发生交通违法行为，应及时处理以避免给自己和车辆所有者带来不必要的麻烦和经济损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。