结论：员工发生违法行为，用人单位一般不可以直接停发工资，但需根据具体情况进行判断和处理。
分析说明：
工资支付的基本原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这是工资支付的基本原则，也是劳动者的基本权益。
员工违法行为与工资支付的关系：
- 员工的违法行为，如果并未导致劳动合同无法履行或者严重违反用人单位的规章制度，用人单位通常不能直接停发工资。因为工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，与员工的个人行为（除非该行为直接影响到工作或合同履行）无直接关联。
- 如果员工的违法行为已经构成了对劳动合同的严重违反，或者导致了劳动合同无法继续履行（如被依法追究刑事责任），用人单位可以根据劳动合同的约定或相关法律法规的规定，解除劳动合同，并在解除后停止支付工资。但在此之前，仍需按照合同约定支付工资。
特殊情况下的工资支付：
- 如果员工因违法行为被暂时停职或接受调查，但并未被解除劳动合同，用人单位在停职期间仍需按照劳动合同的约定支付基本工资或生活费（具体数额可能根据合同或地方规定有所不同）。
- 如果员工因违法行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可以依据劳动合同的约定或相关法律法规的规定，要求员工赔偿损失。但这并不意味着可以直接停发工资，而是需要通过合法途径（如协商、仲裁或诉讼）来追偿。
法律建议：
- 对于用人单位：在面对员工违法行为时，应首先评估该行为对劳动合同履行的影响程度。如果行为并未导致合同无法履行或严重违反规章制度，应继续支付工资；如果行为严重违反合同或规章制度，可以考虑解除劳动合同并停止支付工资（但需确保解除合同的合法性和合规性）。
- 对于员工：如果因违法行为被用人单位停发工资或面临其他处罚，应首先了解自己的权益和义务，并咨询专业律师以获取法律帮助。如果认为用人单位的处罚不当或违法，可以通过法律途径维护自己的权益。
可能后果：
- 如果用人单位未经合法程序直接停发工资，可能面临劳动争议仲裁或诉讼的风险，并可能需要支付拖欠的工资及可能的赔偿金。
- 如果员工因违法行为给用人单位造成损失并拒绝赔偿，用人单位可以通过法律途径追偿，但需确保追偿程序的合法性和合规性。
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