结论：借款主体是公司时，借款200万的协议是否需要法定代表人同意，以及如果法定代表人不同意该协议是否有效，这主要取决于公司章程的规定以及相关法律法规的适用。以下从不同角度进行分析：

1. 公司章程的规定

   • 公司自治原则：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司享有自治权，其内部事务，包括借款等财务活动，通常由公司章程或股东会、董事会的决议来规定。因此，如果公司章程明确规定了公司借款需要法定代表人同意，那么该借款协议在未经法定代表人同意的情况下签订，可能面临效力上的挑战。
   • 章程未规定的情况：如果公司章程没有明确规定公司借款需要法定代表人同意，那么从公司自治的角度来看，公司管理层或授权代表在权限范围内签订的借款协议，通常应被视为有效。但这也取决于公司内部的管理结构和授权机制。

2. 法定代表人的权限

   • 法定权限：法定代表人作为公司的法律代表，其权限通常由法律和公司章程共同规定。在一般情况下，法定代表人有权代表公司签订合同，包括借款协议。然而，这种权限并非绝对，可能受到公司章程、股东会或董事会决议的限制。
   • 超越权限的后果：如果法定代表人超越其权限签订借款协议，且相对方（如出借人）知道或应当知道该超越权限的事实，那么该借款协议可能对公司不发生效力，除非公司事后予以追认。

3. 相关法律法规的适用

   • 合同效力：根据《中华人民共和国民法典》的规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。因此，如果借款协议符合法律规定的成立要件，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议通常是有效的。
   • 表见代表：在特定情况下，即使法定代表人超越权限签订合同，如果相对方有理由相信其有代理权（如表见代表），那么该合同也可能对公司发生效力。这通常要求相对方在签订合同时尽到了合理的审查义务。

4. 实践建议

   • 审查公司章程：在签订借款协议前，建议审查公司章程，了解公司借款是否需要法定代表人同意以及相关的决策程序。
   • 确认法定代表人权限：与法定代表人签订借款协议时，应确认其是否具有签订该协议的权限，并尽可能要求其提供相关的授权文件。
   • 完善合同条款：在借款协议中明确约定双方的权利和义务，包括借款金额、利率、还款期限等，以减少后续纠纷的可能性。

总结与进一步思考：借款主体是公司时，借款协议的效力不仅取决于法律法规的规定，还受到公司章程、内部管理结构和授权机制的影响。因此，在签订借款协议前，建议进行充分的审查和了解，以确保协议的合法性和有效性。如果您在借款协议签订过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。