结论：员工上班未打卡扣工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度合法且已告知员工

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
   • 分析：如果公司有明确的规章制度规定上班打卡是员工的义务，且未打卡将扣除相应工资，同时该规章制度已经过民主程序制定并公示或告知了员工，那么在这种情况下，员工未打卡扣工资可能是合法的。但需要注意的是，扣除的工资数额应当合理，不能超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。

2. 公司规章制度不合法或未告知员工

   • 法律背景：同样依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果公司的规章制度未经民主程序制定，或者未公示、未告知员工，那么该规章制度对员工不具有约束力。
   • 分析：在这种情况下，即使员工未打卡，公司也不能依据不合法的规章制度扣除员工工资。如果公司擅自扣除，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发被扣除的工资。

3. 特殊情况下的处理

   • 分析：如果员工因特殊原因（如突发疾病、紧急事务等）未能打卡，且能提供相应证据证明其确实出勤并履行了工作职责，那么公司不应扣除其工资。此外，如果公司因系统故障等原因导致员工无法打卡，也应视为员工已出勤，不应扣除工资。

法律建议：

• 对于员工而言，应仔细阅读公司的规章制度，了解上班打卡的相关规定。如果因特殊原因未能打卡，应及时向公司说明情况并提供相应证据。
• 对于公司而言，应制定合法、合理的规章制度，并确保经过民主程序制定并公示或告知员工。在扣除员工工资时，应确保扣除的数额合理且符合法律规定。

可能的法律后果：

• 如果公司擅自扣除员工工资且不符合法律规定，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。劳动监察部门或劳动仲裁机构将依法进行调查和处理，要求公司补发被扣除的工资，并可能对公司进行处罚。

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