申请执行超过法定期限的，法院通常不会主动启动执行程序，但申请人仍可通过一定方式寻求救济或恢复执行权利。具体处理方式及法律后果如下：

1. 超过申请执行期限的直接后果
   根据《民事诉讼法》第246条，申请执行的期间为二年（自法律文书规定履行期间的最后一日起计算；未规定的，自法律文书生效之日起计算）。若超过此期限，法院会以“超过申请执行时效期间”为由裁定不予执行，并终结执行程序。此时，被执行人若提出时效抗辩，法院将不再强制执行债务。

2. 超过期限后的救济途径

   • 双方自愿履行：若被执行人自愿履行债务，即使超过申请期限，法院也不会干预。但需注意，若被执行人履行后反悔，以“超过执行期限”为由主张返还财产的，法院不予支持（依据《民事诉讼法司法解释》第481条）。
     
   • 重新达成还款协议：若申请人与被执行人重新协商并签订书面还款协议，可视为对原债务的重新确认。此时，申请人可依据新协议重新申请执行，时效从新协议约定履行期届满之日起重新计算。
     
   • 时效中断的特殊情形：若在原申请执行期限内，申请人曾向被执行人主张权利（如催告、协商等），或被执行人同意履行义务（如书面承诺还款），可导致时效中断并重新计算。但需提供证据证明（如聊天记录、录音、书面文件等）。

3. 法院的审查与处理流程

   • 被动审查原则：法院通常不会主动审查申请执行期限，但若被执行人提出时效抗辩，法院需核实申请时间是否超出法定期限。
     
   • 裁定不予执行：经审查确认超期的，法院会作出不予执行裁定书，并终结执行程序。申请人若对裁定不服，可依据《民事诉讼法》第232条提出执行异议，但需在裁定送达之日起10日内提出。

4. 实务建议

   • 及时申请执行：收到生效法律文书后，应尽快在法定期限内申请执行，避免因拖延导致权利丧失。
     
   • 保留时效证据：若在期限内曾向被执行人主张权利，需保留书面证据（如催款函、律师函、还款协议等），以备时效中断之用。
     
   • 协商补救措施：若已超期，可尝试与被执行人协商重新签订还款协议，或通过其他合法途径（如诉讼确认债务）恢复执行权利。

总结：申请执行超期后，法院原则上不再强制执行，但申请人仍可通过被执行人自愿履行、重新协议或时效中断等途径寻求救济。建议务必在法定期限内申请执行，并妥善保留相关证据。若有具体案件或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。