对于在职员工劳动合同的保存期限，用人单位应从员工入职起至离职后至少保存二年，这是法律明确规定的要求。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条的规定，用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少应保存二年备查。这一规定确保了在劳动纠纷、工资支付争议、社会保险缴纳争议等情况下，用人单位能够迅速提供合同文本作为证据，以明确双方在劳动关系存续期间的权利义务。

二、在职期间劳动合同的保存

1. 重要性：在职员工的劳动合同是其权益的重要保障，同时也是用人单位管理员工、规范劳动关系的重要依据。因此，用人单位应妥善保管每一份在职员工的劳动合同，确保合同的完整性和安全性。
2. 保存方式：具体的保存方式可能因公司而异，但应确保合同的完整性、安全性和可追溯性。建议采用电子化或纸质化的方式存储，并建立相应的索引和归档制度，以便快速查找和提取。例如，可以设立专门的电子数据库或纸质档案室，对劳动合同进行分类存储和管理。

三、离职后劳动合同的保存

1. 保存期限：虽然法律只明确规定了离职后劳动合同的保存期限为二年，但用人单位在实际操作中，为了应对可能出现的劳动争议或法律纠纷，也可以考虑适当延长保存期限。特别是对于涉及关键岗位、高管或特殊行业的劳动合同，保存期限可能需要更长。
2. 管理要求：离职后的劳动合同应按照公司的人事管理制度或相关法律法规的要求进行管理和保存。建议设立专门的档案室或电子数据库，对离职员工的劳动合同进行分类存储和管理，并定期进行清理和更新，以确保档案的整洁和有序。

四、实际操作建议

1. 制定管理制度：用人单位应制定明确的劳动合同管理制度，包括保存期限、保存方式、管理责任等，以确保劳动合同的合规保存和管理。
2. 定期盘点清查：定期对劳动合同进行盘点和清查，确保无遗漏、无损坏。这有助于及时发现并解决问题，避免潜在的法律风险。
3. 加强员工培训：提高员工对劳动合同重要性的认识和管理意识，确保员工了解并遵守公司的劳动合同管理制度。
4. 咨询法律顾问：在必要时咨询专业的法律顾问，以确保合规性和有效性。法律顾问可以提供专业的法律意见和建议，帮助用人单位更好地处理劳动合同相关的问题。

总结来说，对于在职员工劳动合同的保存期限问题，用人单位应遵循法律法规的要求，并结合公司的实际情况和管理需求进行妥善处理。通过制定明确的管理制度、加强员工培训和咨询专业顾问等措施，可以确保劳动合同的合规保存和管理，为双方的合法权益提供有力保障。如果您在劳动合同保存或管理方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。