是否可以直接从履约保函中扣款，需根据保函的具体条款、适用法律及实际履约情况综合判断，不能一概而论。以下是具体分析：

1. 保函条款的约定
   履约保函的核心是“见索即付”或“有条件支付”条款。若保函明确约定“受益人提交符合要求的书面索赔文件后，担保人即无条件付款”（即独立保函），则银行或担保机构通常需直接扣款，无需审查基础交易是否违约。但若保函约定“需经法院判决或仲裁裁决确认违约后支付”（即从属性保函），则不能直接扣款，需先通过法律程序确认违约事实。

2. 适用法律的强制性规定
   根据《最高人民法院关于审理独立保函纠纷案件若干问题的规定》（中国）或《联合国独立保函与备用信用证公约》（国际），独立保函的效力受法律保护，担保人不得以基础交易争议对抗索赔。但若保函被认定为“欺诈”（如受益人伪造违约证据），法院可裁定终止支付。此时需通过诉讼或仲裁程序主张权利，而非直接扣款。

3. 实际履约情况的证据支持
   即使保函为独立保函，受益人索赔时仍需提交与保函条款一致的书面文件（如违约通知书、检测报告等）。若担保人发现索赔文件与事实不符（如工程已验收合格但受益人声称质量不合格），可拒绝付款并要求受益人补充证据或通过法律途径解决。此时扣款需以证据充分为前提。

建议行动步骤：

1. 立即审查保函文本，确认是否为独立保函及具体索赔条件；
   
2. 收集履约证据（如合同、验收单、沟通记录等），评估是否构成违约；
   
3. 若保函为独立保函且索赔文件符合要求，担保人可能直接扣款，此时可通过法律程序主张保函欺诈或基础交易无违约；
   
4. 若保函为从属性保函，需先通过诉讼/仲裁确认违约后申请执行。
   

如有进一步细节（如保函类型、争议背景等），可向我补充说明，我会结合具体情形为您分析风险点及应对策略。