结论前置：机关收到行政查处申请书后，有明确的法律规定和相应的处理程序，需依法履行职责。以下是具体分析：
法律规定的存在
根据《中华人民共和国行政处罚法》第五十四条、第五十五条及《市场监督管理行政处罚程序规定》等相关法律法规，行政机关（如市场监管、环保、税务等部门）在收到公民、法人或其他组织提交的行政查处申请书后，必须依法处理，不得推诿或拒绝。这是行政机关履行法定职责的必然要求。
具体处理程序
- 审查与受理：行政机关需在收到申请后5个工作日内审查材料是否完整、是否属于本机关管辖范围。若材料不全，应一次性告知申请人补正；若不属于本机关职责，应告知申请人向有管辖权的机关提出。
- 立案与调查：符合受理条件的，行政机关应在15个工作日内决定是否立案（特殊情况可延长15日）。立案后，需依法开展调查取证，包括询问当事人、查阅资料、现场检查等。
- 处理结果告知：调查终结后，行政机关需根据事实和法律作出处理决定（如处罚、责令改正、不予处罚等），并将结果书面告知申请人。若申请人对处理结果不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
不履行职责的法律后果
若行政机关未依法处理申请书（如超期未答复、拒不立案等），申请人可依据《行政复议法》第十一条或《行政诉讼法》第十二条，向上一级行政机关申请行政复议，或直接向法院提起行政诉讼，要求确认行政机关不作为违法并责令履行职责。
实务建议
- 申请人角度：提交申请时需明确被查处对象、违法事实及证据，并留存送达凭证（如邮寄回执、签收记录）。若行政机关未依法处理，可及时通过法律途径维权。
- 行政机关角度：需严格遵循法定程序，避免因程序违法导致行政行为被撤销或确认无效。建议建立内部审查机制，确保每份申请书均得到及时、规范的处理。
总结：行政机关收到查处申请书后，必须依法启动调查程序并反馈结果，这是其法定职责。若您遇到行政机关不作为或处理不当的情况，可进一步向我咨询具体维权策略。