协议代理人用的电子签名在符合法定条件时是有效的，具有与手写签名或盖章同等的法律效力。不过，具体是否有效还需结合实际情况来判断，以下从多个角度为你详细分析：
一、电子签名的有效性条件
根据《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，一个电子签名要被视为可靠的并具备法律效力，必须同时满足以下条件：
专有性：电子签名制作数据在用于电子签名时，必须属于电子签名人专有。这意味着，如果协议代理人要使用电子签名，那么该电子签名的制作数据（如数字证书对应的私钥）应仅由代理人自己持有和控制。
控制性：签署时电子签名制作数据必须仅由电子签名人控制。在代理签署协议时，代理人应能够自由表达其真实意愿，且不受他人干扰或控制。这要求代理人在使用电子签名时，应确保签名过程的安全性，防止签名数据被他人窃取或篡改。
不可篡改性（签名自身）：签署后对电子签名的任何改动都能够被发现。这通常通过哈希算法等技术手段实现，一旦签名被修改，系统能够及时检测到这种改动，从而确保签名的完整性。对于代理签署的协议，这一点同样重要，以确保代理人的签名未被非法更改。
不可篡改性（数据电文）：签署后对数据电文内容和形式的任何改动也能够被发现。这要求电子签名技术不仅要保护签名本身，还要保护所签署的数据电文（即协议内容）不被非法更改。在代理签署协议时，这一点尤为关键，以保障协议内容的真实性和稳定性。
二、电子签名的法律效力
当电子签名满足上述可靠条件时，依据《中华人民共和国电子签名法》第十四条，它即被视为具有与手写签名或盖章同等的法律效力。这意味着，在法律上，这样的电子签名能够作为证明当事人（包括代理人）真实意思表示和协议有效性的依据。
三、特殊协议的额外要求
尽管电子签名在大多数情况下都是有效的，但某些特定类型的协议可能还需要满足额外的要求才能生效。这些特殊要求通常涉及：
人身关系协议：如婚姻、收养、继承等涉及个人身份关系的协议，可能需要采用书面形式并办理相关登记手续。在这些情况下，即使使用了电子签名，也可能需要额外的法律程序来确认其效力。
不动产权益转让：涉及土地、房屋等不动产权益转让的协议，同样可能需要书面形式和相关的登记手续来确保其法律效力。对于这类协议，电子签名的使用可能受到更严格的限制。
四、实践建议
为了确保协议代理人使用的电子签名的法律效力，并避免潜在的法律风险，我建议你：
选择可信赖的电子签名服务提供商：确保所使用的电子签名技术符合相关法律法规的要求，并具备足够的安全性。
使用经过安全认证的电子签名设备：这有助于保障签名过程的安全性，防止签名数据被他人窃取或篡改。
在签署前仔细了解相关法律法规和具体要求：特别是对于涉及特殊类型协议的电子签名使用，应确保符合所有相关的法律要求。
保留相关证据：在签署协议时，应保留与电子签名使用相关的所有证据，如签名过程记录、数字证书等，以备不时之需。
如果你在协议代理人使用电子签名方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。